تعیین میزان هم خونی و هتروزیگوسیتی در گوسفند نژاد کرمانی

سطح بالای هم خونی در حیوانات، منجر به کاهش تنوع ژنتیکی و افزایش احتمال هموزیگوت بودن حیوانات برای آلل های مضر می شود. بنابراین، طول عمر حیوانات هم خون، به دلیل کاهش شایستگی ژنتیکی، کاهش می یابد. هتروزیگوسیتی، یکی از معیارهای برآورد تنوع ژنتیکی از روی اطلاعات مولکولی می باشد. به عبارتی دیگر، هتروزیگوسیتی، یکی از مهم ترین معیارها در بررسی تنوع آللی نشانگرها محسوب می شود. در این مطالعه، از پنج روش مختلف (fis، froh، fgrm، fhom و funi) برای برآورد هم خونی ژنومی استفاده شد. دو راه برای اندازه گیری هتروزیگوس وجود دارد؛ یکی با تخمین نسبت افراد هتروزیگوت با شمارش تعداد ژنوتیپ های هتروزیگوت یا جمع فراوانی های ژنتیکی این افراد، که به عنوان هتروزیگوس مشاهده شده (ho)، شناخته می شود. مورد دوم، هتروزیگوس مورد انتظار (he) است، که به عنوان مقدار هتروزیگوسیتی است، که تحت شرایط تعادل هاردی-وینبرگ انتظار می رود. اطلاع از سطح هم خونی در طراحی برنامه های اصلاح نژادی برای کنترل افزایش هم خونی و در نتیجه کنترل مضرات هم خونی در حیوانات، ضروری است. هدف از انجام این مطالعه، بررسی میزان هم خونی و هتروزیگوسیتی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای snp موجود در سراسر ژنوم حاصل از آرایهsnp 600k illumina ovine در گوسفندان نژاد کرمانی بود. هتروزیگوسیتی مشاهده شده و هتروزیگوسیتی مورد انتظار در گوسفندان نژاد کرمانی، به ترتیب 315/0 و293/0 بود. ضریب هم خونی در جمعیت گوسفند کرمانی، بر اساس هتروزیگوسیتی مورد انتظار و هتروزیگوسیتی مشاهده شده (fis)، 075/0 بود. ضریب هم خونی ژنومی در گوسفندان کرمانی بر اساس چهار روش froh، fgrm، fhom و funi، به ترتیب 129/0، 18/0، 06/0و 06/0 به دست آمد.

Determining the degree of inbreeding and heterozygosity in Kermani sheep

A high level of inbreeding in animals leads to a decrease in genetic diversity and an increase in the probability that animals are homozygous for harmful alleles. Therefore, the life span of inbred animals is reduced due to the reduction of genetic competence. Heterozygosity is one of the criteria for estimating genetic diversity based on molecular information. In other words, heterozygosity is considered one of the most important criteria in investigating the allelic diversity of markers. This study used five different methods (FIS, FROH, FGRM, FHOM, and FUNI) to estimate genomic inbreeding. There are two ways to measure heterozygosity; One is by estimating the proportion of heterozygous individuals by counting the number of heterozygous genotypes or the sum of genetic frequencies of these individuals, which is known as observed heterozygosity (Ho). The second case is the expected heterozygosity (He), which is the amount of heterozygosity that is expected under the Hardy-Weinberg equilibrium. Knowing the level of inbreeding is necessary for the design of breeding programs to control the increase of inbreeding and, as a result, control the harms of inbreeding in animals. This study aimed to investigate the level of inbreeding and heterozygosity using the information of SNP markers available throughout the genome from the Illumina Ovine SNP 600K array in Kermani sheep. Observed heterozygosity and expected heterozygosity in Kermani sheep were 0.315 and 0.293 respectively. The coefficient of inbreeding in the Kermani sheep population based on expected heterozygosity and observed heterozygosity (FIS) was -0.075 The coefficient of genomic inbreeding in Kermani sheep was obtained according to four methods FROH, FGRM, FHOM, and FUNI, respectively 0.129, 0.18, 0.06, and 0.06.