بررسی سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم و تعیین اندازه موثر جمعیت گوسفندان بومی ایران

الگوی عدم تعادل پیوستگی (ld) در یک جمعیت، می تواند توسط برخی از عوامل ژنتیکی، نظیر انتخاب، جهش، مهاجرت، رانش ژنتیکی، ساختار جمعیت، تنگناهای جمعیت و میزان نوترکیبی، تحت تاثیر قرار گیرد. اندازه موثر جمعیت (ne)، یکی از مهم ترین فراسنجه ها، در ژنتیک جمعیت و زیست شناسی حفاظت محسوب می شود. دستیابی به اندازه موثر کنونی جمعیت ها، به منظور مدیریت جمعیت های کوچک در معرض خطر، از اهمیت بسیاری برخوردار است. روشld، پرکاربردترین روش برآورد اندازه موثر جمعیت بر اساس نشانگرهای مولکولی بوده است و اغلب مطالعات انجام گرفته در دام های اهلی، بر اساس این روش انجام شده اند. در این پژوهش، جهت بررسی مقدار عدم تعادل پیوستگی (ld)، از آماره r2 استفاده شد. نتایج حاصل از این آنالیز نشان داد، که با افزایش میزان فاصله، مقدار ld در تمام نژاد های مورد مطالعه، کاهش یافت. بیشترین مقدار ne، در 150 نسل پیش، مربوط به نژاد سیاه کبود (891ne=) بود، در حالی که، کمترین آن، برای نژاد کرمانی (326=150ne) مشاهده گردید. همچنین میزان ne در 13 نسل قبل در نژاد کرمانی، از همه کمتر و در نژاد لری بختیاری و سیاه کبود از همه بیشتر بود (82-36=13ne). به طور کلی، ne در جمعیت گوسفندان بومی مورد مطالعه، پایین بود. ne برای نژادهای کرمانی و کبوده شیراز حدود 40 است، که به عنوان آستانه خطر انقراض در کوتاه مدت در نظر گرفته می-شود. این مطلب بدان معنی است، که این نژادها باید به عنوان یک کاندید برای اقدامات حفاظتی از نزدیک کنترل شوند.

Investigating the levels of linkage disequilibrium in the genome and determining the population effective size of the Iranian native sheep

The linkage disequilibrium (LD) pattern in a population can be affected by some genetic factors such as selection, mutation, migration, genetic drift, population structure, population bottlenecks, and recombination rate. The effective size of the population (Ne) is considered one of the most important parameters in population genetics and conservation biology. Achieving the current effective size of populations is of great importance in order to manage small populations at risk. The LD method has been the most widely used method of estimating the effective size of the population based on molecular markers, and most of the studies conducted in domestic animals have been based on this method. In this research, the r2 statistic was used to investigate the linkage disequilibrium (LD). The results of this analysis showed that with the increase of the distance, the value of LD decreased in all the breeds studied. The highest amount of Ne, in 150 generations ago, was related to the SiahKabud breed (Ne=891), while the lowest value was observed for the Kermani breed (Ne150=326). Also, the amount of Ne in the 13 generations previous was the lowest in the Kermani breed and the highest in the Lori Bakhtiari and Siah Kabud breeds (Ne13 = 36-82). In general, Ne was low in the studied indigenous sheep population. Ne is about 40 for the Kermani and GrayShiraz, which is considered as a threshold of the danger of extinction in the short term. This means that these breeds should be monitored closely as candidates for conservation measures.