>
Fa   |   Ar   |   En
   آنالیز بیان افتراقی ژن های غده هاردرین مرغ در عفونت ویروسی بیماری نیوکاسل تحت استرس گرمایی با داده های Rna-Seq  
   
نویسنده نعیمی پور یونسی حسین ,رادین تیام ,فرهنگ فر همایون
منبع سومين همايش ملي پژوهش هاي نوين در علوم دامي - 1401 - دوره : 3 - سومین همایش ملی پژوهش های نوین در علوم دامی - کد همایش: 01220-76320 - صفحه:0 -0
چکیده    مقدمه: در پشت هر چشم مرغ یک بافت لنفاوی منحصر به فرد به نام غده هاردرین وجود دارد که تجزیه و تحلیل توالی rna rna-seq)) برای آن جدید است. این سلولها وابسته هم به تیموس و هم بورس فابرسیوس وابسته است. ویروس بیماری نیوکاسل، معیشت مرغداران روستایی که زیرساخت ها و خدمات محدودی برای واکسیناسیون و جلوگیری از شیوع ویروس دارند را تهدید می کند. پاسخ طیور به بیماری نیوکاسل تحت عوامل استرس زا مانند گرما که معمولاً توسط جوجه ها تجربه می شود، بررسی نشده است. هدف از این مطالعه، آنالیز بیان افتراقی ژن ها در غده هاردرین مرغ تحت عفونت با نیوکاسل در طیور لگهورن تحت استرس حرارتی بود.مواد و روش ها: در این تحقیق به منظور آنالیز بیان افتراقی ژن ها در غده هاردرین مرغ تحت تنش گرمایی 6 ساعت پس از بیماری نیوکاسل در طیور لگهورن، از داده های مربوط به یک مطالعه rna-seq با شماره دسترسی gse118010 از سایت ncbi استفاده گردید. کیفیت و پیرایش خوانش ها، نقشه یابی خوانش ها روی ژنوم مرجع و خلاصه سازی خوانش های توالی خام روی این داده ها صورت گرفته بود و به صورت ماتریس خوانش های نقشه یابی سطح ژن در سایت ncbi بارگذاری شده بودند. آنالیز داده ها با یک برنامه تحت وب یکپارچه (idep) انجام شد.نتایج و بحث: اختلاف مشخصی بین دو گروه بدون چالش و چالش با ویروس نیوکاسل دیده شد که در امتداد اولین مولفه اصلی 79 درصد واریانس را توضیح داد. با بسته نرم افزاری deseq2 و در گروه ازمایشی بدون چالش نسبت به گروه ازمایشی چالش با ویروس نیوکاسل در شرایط تنش گرمایی 1260 ژن بیان بالا و 432 ژن با بیان پائین و با آستانه میزان کشف اشتباه (fdr <0.01) و تغییر بیش از دو برابر (fold-change>2) شناسایی شدند. نتیجه گیری کلی: این مطالعه بینش جدیدی در مورد پاسخ رونویسی بافت غده هادرین مرغ در عفونت ویروسی بیماری نیوکاسل تحت استرس گرمایی با داده های rna-seq ارائه نموده است.
کلیدواژه غده هاردرین، لگهورن، نیوکاسل، Rna-Seq
آدرس , Iran, , Iran, , Iran
 
     
   
Authors
  
 
 

Copyright 2023
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved