تعیین انواع پلاسمید بر اساس تیپ رپلیکون و مقایسه آن با انواع شیگاتوکسین و اینتیمین جدایه‌های حیوانی اشریشیاکلی شیگاتوکسیژنیک

سویه‌های پاتوتیپ اشریشیاکلی شیگاتوکسیژنیک (stec) باعث بیماری‌های خطرناکی همچون کولیت هموراژیک (hc) و سندرم همولیتیک اورمیک (hus) در انسان می‌شوند. در حال حاضر، یکی از چالش‌های مهم در کنترل عفونت‌های ناشی از stec، ردیابی و شناسایی به موقع سویه‌های بیماری‌زا در نمونه‌های محیطی، غذایی و بالینی است. برای این منظور از ژن‌های stx و eae به همراه ژن‌های اختصاصی سروگروپ‌ها در دو پروتوکل استاندارد در اتحادیه اروپا (iso/ts 13136) و آمریکا (mlg5b.05) استفاده می‌شود. در پژوهش حاضر، به بررسی انواع رپلیکون‌ها و مقایسه آن با سروگروپ‌های مهم بیماری‌زا و سویه‌های stx2 مثبت پرداخته شد تا با شناسایی رپلیکون‌های مهم، بتوان در قدم بعدی از ژن‌های حدت کدشونده بر روی این نوع پلاسمیدها به‌عنوان مارکرهای جایگزین روش‌های iso/ts 13136 و mlg5b.05 استفاده نمود. بر این اساس، 96 جدایه stec به دست آمده از میزبان‌های مختلف حیوانی در قالب pcr های تکی و multiplex pcr ارزیابی شدند. از میان 82 سویه stec دارای پلاسمید، به‌ترتیب رپلیکون‌های (69.82) fib با 84.1% ، (21.82) k/b با 25.6% ، (11.82) b/o با 13.4% ، (8.82) p با 9.7% ، (6.82) y با 7.3% ، (3.82) fia با 3.6% ، (3.82) i1 با 3.6% و (1.82) l/m با 1.2% بیشترین فراوانی را داشتند. در این مطالعه اگرچه فراوانی پلاسمیدهای fib قابل توجه بود، اما در مورد سویه‌های بیماری‌زا stec، ارتباط آنها با پلاسمید k/b نشان داده شد، به‌طوری که بیشترین جدایه‌های stec دارای الگوی stx2 + eae + ehxa واجد این رپلیکون بودند. بررسی ارتباط نوع پلاسمید با تحت تیپ‌های ژن stx2 و تعیین محتوای ژنتیکی این پلاسمیدها جهت ارزیابی حدت و شناسایی مارکر ژنتیکی احتمالی از محتوای پلاسمیدی پیشنهاد می‌شود.

plasmid replicon typing and comparison with virulent strains of shiga toxin-producing escherichia coli isolates in animal sources

shiga toxin-producing escherichia coli (stec) strains are responsible for severe human diseases، such as hemorrhagic colitis (hc) and hemolytic-uremic syndrome (hus). controlling infections associated with stec poses a significant challenge، particularly in the timely tracking and identification of pathogenic strains in environmental، food، and clinical samples. currently، the detection protocols in the european union (iso/ts 13136) and the united states (mlg5b.05) rely on the genes stx and eae، along with specific serogroup-associated genes. here، we investigated various replicons and compared them with major pathogenic serogroups and stx2-positive strains to identify crucial replicons that can potentially harbor virulence genes، overcoming the limitations of iso/ts 13136 and mlg5b.05 methodologies by focusing on the virulence genes encoded on these plasmids as alternative markers. ninety-six stec isolates from various animal hosts were subjected to single and multiplex pcr assays. among the 82 stec strains carrying plasmids، the prevalence of different replicons، including fib (69/82، 84.1%)، k/b (21/82، 25.6%)، b/o (11/82، 13.4%)، p (8/82، 9.8%)، y (6/82، 7.3%)، fia (3/82، 3.7%)، i1 (3/82، 3.7%)، and l/m (1/82، 1.2%)، was determined. while the frequency of fib plasmids was notable، an association between pathogenic stec strains and k/b plasmids was observed. most stec isolates carrying the stx2 + eae + ehxa gene pattern were associated with k/b replicon. the study suggests examining the correlation between plasmid types and stx2 gene subtypes and determining the genetic content of these plasmids to assess virulence and identify potential genetic markers.