بررسی تنوع ژنتیکی و خصوصیات تکاملی پروتئین پوششی ویروس موزائیک رگه ای گندم

ویروس موزائیک رگه ای گندم (wheat streak mosaic virus) از جنس tritimovirus و خانواده potyviridae می باشد که در بیشتر مناطق ایران روی گندم گزارش شده است و در شرایطی باعث نابودی کامل محصول نیز می شود. با توجه به تغییر الگوی کشت در سالیان اخیر، شرایط مساعدتری برای انتشار این ویروس فراهم شده که باعث شیوع و خسارت بیشتر این بیماری ویروسی در مزارع گندم گردیده است. مشخص شده است که پروتئین پوششی این ویروس در حرکت، تکثیر ژنوم و انتقال با ناقل نقش دارد. در این مطالعه، آنالیز تنوع ژنتیکی و خصوصیات تکاملی توالی های نوکلئوتیدی پروتئین پوششی 27 جدایه ایرانی ویروس موزائیک رگه ای گندم با استفاده از نرم افزارهای dnasp (ver. 6.12.03) و mega (ver. 6.06) انجام گرفت. نتایج نشان داد که پروتئین پوششی ویروس دارای 981 جایگاه پلی مورفیک و 1749 جهش می باشد. تعداد 27 هاپلوتایپ با میزان تنوع یک و واریانس تنوع 0001/ مشاهده شد. میزان تنوع نوکلئوتیدی با نرخ 46207/pi: و میانگین تفاوت های نوکلئوتیدی با 174/485k: مشاهده شد. همچنین در این بررسی تعداد حداقل 99 نوترکیبی (99rm:) بین جایگاه های نوکلئوتیدی مختلف یافت شد. آزمون tajima's d بیانگر انتخاب در حال تعادل در ژن پروتئین پوششی بین جدایه های ویروس موزائیک رگه ای گندم بود. همچنین آنالیز maximum likelihood انتخاب طبیعی بین کدون ها نشان داد که میزان dn-ds در بیشتر موارد منفی می باشد که بیانگر تعادل در انتخاب از طریق حذف تغییرات ژنتیکی مضر و پایداری ژن می باشد. در نهایت، تغییرات قابل توجهی (جهش و نوترکیبی) در ژن پروتئین پوششی جدایه های مختلف ویروس موزائیک رگه ای گندم یافت شد که احتمال داده می شود روی شدت بیماریزایی جدایه های مختلف اثرگذار باشند.