تنوع ژنی و پارامترهای تکاملی ژن پروتئین پوششی در بکورتوویروس های فارس

بکورتوویروس ها گروهی از ویروس های گیاهی هستند که در جنس becurtovirus و خانواده geminiviridae قرار می گیرند. مهمترین گونه در بین بکورتوویروس ها، ویروس ایرانی پیچیدگی بوته چغندر (beet curly top iran virus, bctiv) است که سالانه خسارت قابل توجهی را به گیاهان زراعی وارد می سازد. ژنوم این ویروس از نوع دی اِن اِی تک لا و حلقوی است. ژن پروتئین پوششی این ویروس به نام v1 اندازه ای برابر با 753 نوکلئوتید دارد که در آلودگی ویروس نقش مهمی ایفا می کند. در این مطالعه، تنوع ژنتیکی و پارامترهای تکاملی ترادف های نوکلئوتیدی پروتئین پوششی 18 جدایه ویروس ایرانی پیچیدگی بوته چغندر در استان فارس با نرم افزارهای dnasp (ver. 6.12.03) و mega (ver. 6.06) انجام گرفت. نتایج نشان داد که ژن پروتئین پوششی ویروس دارای 28 جایگاه پلی مورفیک و 54 جهش می باشد. تعداد 18 هاپلوتایپ با میزان تنوع یک و واریانس تنوع 0001/ مشاهده شد. میزان تنوع نوکلئوتیدی با نرخ 00054/pi: و میانگین تفاوت های نوکلئوتیدی با 002/5k: مشاهده شد. همچنین در این بررسی تعداد حداقل 5 نوترکیبی (5rm:) بین جایگاه های نوکلئوتیدی مختلف یافت شد. آزمون tajima's d بیانگر انتخاب در حال تعادل در ژن پروتئین پوششی بین جدایه های ویروس پیچیدگی بوته چغندرقند ایران بود. همچنین آنالیز maximum likelihood انتخاب طبیعی بین کدون ها نشان داد که میزان dn-ds در بیشتر موارد منفی می باشد که بیانگر تعادل در انتخاب از طریق حذف تغییرات ژنتیکی مضر و پایداری ژن می باشد. در نهایت، جهش و نوترکیبی در ژن پروتئین پوششی جدایه های مختلف ویروس بوته چغندرقند ایران یافت شد که شاید در بیماریزایی جدایه های مختلف اثرگذار باشند.