شناسایی in silico اعضای خانواده ژنی myb در سورگوم (sorghum bicolor)

امروزه مقاومت به تنش‌های زیستی و غیرزیستی در گیاهان و به خصوص گیاهانی که غذای اصلی انسان را تامین می‌کنند بسیار مورد توجه قرار گرفته است. بررسی عوامل موثر بر این مقاومت‌ها می‌تواند کمک شایانی به فعالیت‌های به‌نژادی کند. فاکتورهای رونویسی از جمله عوامل موثر بر مقاومت گیاهان به انواع تنش‌ها هستند. خانواده بزرگ ژنی myb[1] از جمله فاکتورهای رونویسی موجود در گیاهان هستند. این خانواده در تنظیم بسیاری از فعالیت­های گیاهان از جمله واکنش به تنش‌های محیطی نقش دارند. در گیاهان، ژن‌های myb به چهار گروه تقسیم شده‌اند که شامل 1r-، r2r3-، 3r- و 4r-myb می‌شوند. پروتئین‌های r2r3-myb در فعالیت‌های منتوعی نقش دارند که یکی از آن‌ها تنظیم پاسخ به تنش‌های محیطی است. اعضای این خانواده با استفاده از پروتئین‌های گیاه آرابیدوپسیس (arabidopsis thaliana) و به کمک blastp، در سورگوم شناسایی، بوسیله hmmscan، وجود دمین myb در آن‌ها تایید و سپس با استفاده از clustalw و mega7، درخت فیلوژنی رسم شد. در نهایت به ترتیب 130 و 209 پروتئین آرابیدوپسیس و سورگوم در 2 گروه و 23 زیرگروه دسته‌بندی شده و روابط تکاملی و عملکرد بعضی پروتئین‌ها پیش‌بینی شدند. لذا احتمالا وجود دو گروه به دلیل تفاوت در مسیر تکاملی گیاهان تک لپه و دو لپه و تفاوت در 23 زیرگروه به دلیل تفاوت در مسیر تکاملی اعضای خانواده ژنی باشد.   1myeloblastosis