مطالعه ی ترانسکریپتوم دانه ی سویا و آنالیز بیوانفورماتیکی ژن های منتخب

بررسی تغییرات بیان ژن­های فعّال در قسمت­ های مختلف دانه از اهداف مهم، جهت انجام بسیاری از تغییرات ژنتیکی در جهت بهبود کیفیّت، کمیّت و عملکرد دانه سویا می­ باشد. بدین منظور، در این بررسی داده­ های میکرواری گیاه سویا از پایگاه geo datasets دریافت و با نرم افزار geo2r آنالیز شدند. ژن­ های با افزایش و کاهش بیان بالا انتخاب شدند. با استفاده از نرم افزار p target نیز جایگاه فعّالیت پروتئین­ ها مشخص شد. بررسی­ ها نشان داد که قسمت­های مختلف دانه نقش مهمّی در تشکیل دانه دارند. نتایج به دست آمده بینشی از مکانیسم­ های مولکولی درگیر در رشد بذر را می ­دهد. ژن­ های با افزایش و کاهش بیان بالا پروتئین­ های مهمّی همچون پروتئین تنظیم کننده­ ی آدنیلات سیکلاز، پروتئین 1 در تعامل با nep1، فاکتورهای رونویسی wrky 3، ایزوفرم x2 فعّال کننده­ ی رونویسی متصّل به کالمودولین، پروتئین پیچیده منفذ هسته­ ای مشابه nup155 و پروتئین یوبیکوئیتین e3 لیگاز drip2 را کد می­ کنند. این پروتئین­ ها در قسمت­ های مختلف سلول (کلروپلاست، سیتوپلاسم و ...) فعّالیت می­ کنند.