آنالیز ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (citrullus colocynthis l.) به منظور شناسایی ژن‌های مسیر بیوسنتزی دی‌ترپنوئید

در این مطالعه ما برای اولین بار یک گزارش عمومی از ژن­هایی که برای بیوسنتز دی­ترپنوئیدها در هندوانه ابوجهل دخیل هستند، ارائه کردیم. داده­های توالی­یابی rna با اطلاعات بیوشیمیایی مرتبط بوده که پایه­ای برای تحقیقات کاربردی ژنومی و ترانسکریپتومی برای شناسایی بیوسنتز متابولیت­های ثانویه در گیاهان دارویی است. در اینجا ژن­های کاندید برای مسیرهای بیوسنتزی جیبرلین گزارش شده است. برای شناسایی آنزیم­ها و رونوشت­های درگیر در بیوسنتز جیبرلین­ها، پروفایل ترانسکریپتوم از میوه سبز هندوانه ابوجهل را با استفاده از بن­سازه iluumina hiseq2500 اجرا کرده که بعد از کنترل کیفیت تعداد 21,952,885 خوانش دارای کیفیت بالا تولید شد. تخصیص تکمیلی از 55,311 تک­ژن یکپارچه­سازی شده توسط برنامه­ی evidential-gene و تفسیر مسیرهای بیوشیمیایی keeg که 13,657 تک­ژن را نشان می­دهند به 134 مسیر زیستی اشاره دارند. از جمله آنزیم­های کدگذاری شده در مراحل اولیه مسیر بیوسنتز جیبرلین­ها، مانند کوپالیل دی­فسفات سینتاز (cps)، کائورن سینتاز (ksl)، انت-کائورن اکسیداز (cyp701) شناسایی شدند.