بررسی بیوانفورماتیک ژن های خانه دار در افتراق مایکوباکتریوم های سریع الرشد

مقدمه:مایکوباکتریوم‌های سریع‌الرشد (rgm: rapid growing mycobacterium) قادر هستند عفونت‌های ریوی، لنفاوی، پوست و بافت نرم را در انسان به وجود آورند. ما می‌توانیم با استفاده از ژن‌های خانه‌دار، این گروه از باکتری‌ها را شناسایی کنیم. در این ارتباط، هدف از پژوهش حاضر مقایسه و ارزیابی سه ژن خانه‌دار در شناسایی و طبقه‌بندی برخی از مایکوباکتریوم‌های سریع‌الرشد با استفاده از درخت فیلوژنیک بود.   مواد و روش‌ها:برای انجام این مطالعه ابتدا توالی‌های سه ژن 16srrna، hsp65و rpobبرای 10 گونه سریع‌الرشد مایکوباکتریومی از پایگاه‌های ncbi (national center for biotechnologyinformation)، rdp (remotedesktopprotocol) و embl (europeanmolecularbiologylaboratory) دریافت شد. سپس این توالی‌ها توسط نرم‌افزار custalwهم‌طراز گردیدند و درخت فیلوژنیک با استفاده از برنامه mega5ترسیم گشت. یافته‌ها:بر مبنای نتایج، الگوی شناسایی و افتراق هر ژن متفاوت بود. ژن 16srrnaقادر به شناسایی و افتراق مایکوباکتریوم‌های سریع‌الرشد بیماری‌زایی چون مایکوباکتریوم آبسسوس (abscessus) و چلونه (chelonei) نبود. به‌طور کلی، ژن rpobنسبت به سایر ژن‌ها بهتر عمل کرد؛ اگرچه قادر به شناسایی مایکوباکتریوم نووکاسترنس (novocastrense) نبود. نتیجه‌گیری:به‌منظور شناسایی کامل و صحیح مایکوباکتریوم‌های سریع‌الرشد باید هر سه ژن 16srrna، rpobو hsp65به‌طور همزمان مورد مطالعه قرار گیرند.