شناسایی ژن های اختصاصی کارسینوم سلول کلیوی و تایید آزمایشگاهی بیان آن ها در رده سلولی achn در حضور توکسین seh باکتری استافیلوکوکوس اورئوس

مقدمه: کارسینوم سلول کلیوی (rcc) شایع ترین نوع سرطان کلیه در بزرگسالان است. هدف از مطالعه حاضر، دستیابی به ژن هایاختصاصی در rcc، بر اساس مطالعات بیوانفورماتیک و ارزیابی تغییر بیان ژن های شناسایی شده، در سلول های achn پس از ترانسفکت ژن توکسین seh باکتری استافیلوکوکوس اورئوس، است.روش کار: ابتدا همبستگی های بیانی ژن های دخیل در rcc در پایگاه داده tcga مورد بررسی قرار گرفت و شبکه تعاملات ژن ها ساخته شد. جهت تایید تعاملات ژنی شناسایی شده، مطالعات آزمایشگاهی در مدل سلولی achn انجام شد، به این صورت که ژن توکسین استافیلوکوکی seh در وکتور pcdna3.1(+) کلون گردید و درون سلول های achn ترانسفکت شد. پس از تایید عملکرد صحیح وکتور نوترکیب در این سلول ها و القای آپوپتوز، بیان ژن های کاندید به روش real time rt- pcr ارزیابی شد. یافته ها: همبستگی های بیانی ژن های دخیل در آپوپتوز توسط مطالعات in silico شناسایی شد و شبکه تعامل lncrna-mrna در rcc با موفقیت ایجاد شد. القای آپوپتوز تحت تاثیر بیان توکسین توسط فلوسیتومتری تایید شد. بیان ژن های sox9، sbf2/as1، maf و c-maf در سلول های دستورزی شده با وکتور نوترکیب نسبت به سلول های شاهد، به صورت معناداری کاهش یافت. همچنین، افزایش بیان ژن های linc00671 و linc02499 در سلول های تراسنفکت شده با وکتور pcdna3.1(+)-seh نسبت به گروه شاهد، مشاهده شد (p < 0.05) و این تغییر بیان تاییدی بر شناسایی دقیق ژن های درگیر در آپوپتوز سلولی rcc بود.نتیجه گیری: نتایج بدست آمده نشان می دهد که شبکه های ژنی شناسایی شده در این مطالعه می توانند چشم انداز جدیدی برای تحقیقات با هدف تعیین مسیر های مولکولی جدید و درمان rcc فراهم کند.

identification of renal cell carcinoma specific genes and in vitro confirmation of their expression in achn cell line in the presence of staphylococcus aureus toxin she

introduction: renal cell carcinoma (rcc) is the most common type of kidney cancer in adults. the aim of the present study was to obtain specific genes in rcc, based on bioinformatics studies and to evaluate the expression change of candidate genes in achn cells after transfection of the seh gene of staphylococcus aureus. methods: the expression correlations of genes involved in rcc were investigated in the tcga database, and networks of genes was constructed. in vivo studies were performed in the achn cell model, in which the staphylococcal seh gene was cloned into the pcdna3.1 (+) vector and transfected into achn cells. after confirming the correct function of the recombinant vector in these cells and inducing apoptosis, the expression of candidate genes was evaluated. results: the results showed the successful identification of the expression correlations of genes involved in apoptosis and lncrna-mrna interaction network in rcc. induction of apoptosis under the influence of toxin expression was confirmed by flow cytometry. expression of sox9, sbf2/as1, maf and c-maf genes in cells ordered by recombinant vector was significantly reduced compared to control cells. also, increased expression of linc00671 and linc02499 genes was observed in cells transfected with pcdna3.1 (+)- seh vector compared to the control group (p <0.05) and this change in expression confirmed the accurate identification of genes involved in rcc cell apoptosis.conclusion: the gene networks identified in this study can provide a new perspective for research aimed at identifying new molecular pathways and treating rcc.