تعیین ویژگیهای فیزیکوشیمیایی ناحیه fc ایمونوگلوبولین g انسان به روش بیوانفورماتیک

مقدمه :ایمونوگلوبولین ها [ immunoglobulins (igs) ] پاتوژنها را به طور اختصاصی شناسایی و منهدم می کنند. ایمونوگلوبولین(g(  igg فراوانترین ig سرم بوده و نقش مهمی در دفاع علیه عوامل عفونی دارد. جزء دارای قابلیت کریستالیزاسیون [(fragment of crystallizable (fc) ]مولکولigg، نقش اساسی در حذف عوامل بیگانه دارد. بررسی خصوصیات فیزیکوشیمیاییigg fc، درشناسایی بهتر اعمال آن و اهداف تشخیصی و درمانی سود مند است. بیوانفورماتیک حوزه علمی کارامدیست که از حجم عظیم اطلاعات زیستی موجود در کامپیوتر جهت حل مسائل زیستی استفاده می کند. هدف این پژوهش شناسایی ویژگی های فیزیکوشیمیایی igg fc انسان با استفاده از بیوانفورماتیک میباشد. روش کار: توالی و ساختار سوم igg مرجع انسان در پایگاه داده pdb (protein data bank)، ساختار دوم آن با نرم افزار phyre2 (protein homology/analogy recognition engine v 2) و ویژگی های فیزیکوشیمیایی (انعطاف پذیری، دسترسی سطحی و آب دوستی) بخش igg fc توسط مرورگرiedb (immune epitope database) تعیین گردیدند.  یافته ها: در بخش igg fc انسان، مناطق دارای بیشترین دسترسی سطحی، آبدوستی و انعطاف پذیری در توالی حد فاصل اسید آمینه های شماره200-450 واقع شده اند. بعلاوه نواحی مذکور در توالی بین اسید های آمینه شماره 291-300 و 381-405 همپوشانی دارند که محتمل ترین مناطق قرارگیری اپیتوپ ها هستند. نتیجه گیری: ویژگیهای فیزیکوشیمیایی igg fc انسان که در این مطالعه تعیین شدند درشناسایی هرچه بهتر اعمال igg و پیشگویی اپیتوپ های ایمونوژن آن برای تولید آنتی بادیهای منوکلونال اختصاصی جهت تولید کیت های تشخیصی، بهینه سازی کیت های موجود و تولید پروتئین های مشابه برای تشخیص و درمان و همچنین مطالعات فیلوژنتیکی سود مند هستند.

determination of physicochemical properties of human immunoglobulin g- fc fragment by bioinformatic

introduction: immunoglobulins (igs) are defensive glycoproteins specifically recognize and destroy pathogens. immunoglobulin g (igg) is most abundant ig in serum has important protective role against infections. fragment of crystallizable (fc) in igg has essential role in pathogens destruction. determination the physicochemical properties of igg fc is useful in well recognition of its function, diagnostic and therapeutic purposes. bioinformatic is an efficient scientific field uses abundant biological information collected in computers for solving biologic problems. aim of this study is recognition physicochemical features of human igg fc by bioinformatic.materials and methods: amino acid sequence and third structure of reference human igg were found in pdb (protein data bank)  database. second igg structure was determined by protein homology/analogy recognition engine v 2 (phyre 2) software. physicochemical properties (felexibility, accessibility and hydrophilicity) of igg fc fragment were identified by iedb (immune epitope database) software.results: according to results of this study, most accessibe, hydrophilic and felexible sites of igg fc fragment were located to 200 – 450 amino acid sequences. moreover most accessibe, hydrophilic and felexible positions were overlapped in 291- 300 and 381- 405 amino acid sequences and could be most probable locations of epitopes.conclusion: physicochemical properties of igg fc fragment identified in present study are valuable in more exact recognition of igg functions and its immunogenic epitopes which could be helpful in producing of specific monoclonal anti igg antibodies for production igg diagnostic tools, optimizing existing kits, development of similar proteins for diagnostic and therapeutic purposes and phylogenic studies.