آنالیز شبکه همبستگی ژن‌های پاسخ دهنده به تنش شوری در گیاه suaeda salsa

تنش شوری یکی از مهترین تنش‌های غیرزیستی است که منجر به خسارات قابل توجهی در تولید محصولات کشاورزی به‌ویژه در مناطق خشک و نیمه‌خشک می‌شود. به منظور شناسایی ژن‌های کلیدی درگیر در تحمل به شوری، suaeda slsa با ظرفیت سازگاری با سطوح شوری بالا، در سطح ترنسکریپتوم مورد بررسی قرار گرفت. توالی‌یابی rna، در سطوح شوری 0، 200، 400 و 800 میلی مولار توصیف کارآمدی را از پروفایل‌ بیان ژن‌ها، در طول تنش نشان داد. با این حال، این بررسی‌ها معمولاً بر غربالگری ژن‌ها با بیان متفاوت تمرکز می‌کنند و میزان همبستگی بین ژن‌های درگیر در تنش شوری را مورد بررسی قرار نمی‌دهند. بنابراین در این تحقیق، شبکه همبستگی 50 ژن کاندیدای پاسخ دهنده به تنش شوری باlogfc>2 درمقایسه با شاهد مورد بررسی قرار گرفت. شبکه همبستگی حاصل از 848 برهمکنش ژنی نشان داد که این ژن ها می توانند در سه کلاستر طبقه بندی شوند. آنالیز هستی شناسی و مسیر های عملکردی ژن ها با استفاده از پایگاه داده kegg نشان داد متابولیسم گلی‌اگزالات و دی کربوکسیلات تنها مسیر غنی شده در پاسخ به تنش شوری است.

correlation network analysis of genes responding to salinity stress in suaeda salsa

salinity stress is a significant abiotic factor causing substantial reductions in agricultural crop yields, particularly in arid and semi-arid regions. to identify key genes associated with salinity tolerance, suaeda salsa, a species known for its ability to thrive in high-salinity environments, was studied at the transcriptome level. rna sequencing was conducted under nacl concentrations of 0, 200, 400, and 800 mm to profile gene expression during salinity stress. while these studies often emphasize differentially expressed genes, the interaction dynamics among genes under salinity stress remain underexplored. to address this, a correlation network was constructed for 50 selected genes (logfc>2, salinity vs. control) with 848 interactions, grouped into three clusters. kyoto encyclopedia of genes and genomes (kegg) analysis revealed that glyoxylate and dicarboxylate metabolism was the sole enriched pathway during salinity stress.