توالی‌یابی نسل جدید و کاربرد آن در مطالعه میکروبیوم در خاک‌های مهارکننده بیماری‌های گیاهی

پیشرفت در تعیین توالی‌ نسل جدید نقش به‌سزایی در مطالعات مربوط به اکولوژی جمعیت‌های میکروبی داشته است. این پیشرفت‌ها منجر به توسعه سریع در تحقیقات متاژنومیکس (تحلیل دی.ان.ای جمعیت‌های میکروبی بدون نیاز به کشت) شده است. بسیاری از ابزارهای آماری و محاسباتی و پایگاه‌های اطلاعاتی متاژنومیکس منجر به کشف حجم عظیمی از داده‌ها شده است. در این تحقیق علاوه‌بر مرور روش تعیین توالی نسل جدید، ابزارها و روش‌های بیوانفورماتیک مورد استفاده، موارد مطالعه شده درباره میکروبیوم خاک‌های بازدارنده و دست ورزی میکروبیوم جهت مقابله با بیماری‌های گیاهی ارائه و مورد بحث قرار می‌گیرند. خاک بازدارنده به خاکی گفته می‌شود که در آنها با وجود حضور عوامل بیمارگر شناخته‌شده، شیوع بیماری‌های گیاهی بسیار کمتر است. توجه به ساختار و شناسایی دقیق میکروبیوم این خاک‌ها بسیار مورد علاقه طرفداران کاهش مصرف سموم شیمیایی است.

Next Generation Sequencing and its Application in the Study of Microbiome in Plant Diseases Suppressive Soils

Progress in nextgeneration sequencing has played a significant role in ecological studies of microbial populations. These advances have led to a rapid evaluation in metagenomics studies (analysis of DNA of microbial communities without the need to culture). Many statistical and computational tools and metagenomics databases have led to the discovery of huge amounts of data. In this research, in addition to a review of the new generation sequencing method, tools and bioinformatics methods used, the case studies about the microbiome of suppressive soils and manipulation of the microbiome to fight off plant diseases are presented and discussed. Suppressive soil is a soil in which the plant diseases incidence occurs at a low rate despite the presence of known pathogens. Attention to the structure and accurate identification of the microbiome of these soils is very interesting to devotees of reducing the use of chemical pesticides.