توالی‌یابی نسل جدید و برهمکنش‌های ذاتی ویروس-ویروس و ویروس-گیاه

برای درک اکولوژی ویروس ها، لازم است تا اطلاعات جامع در خصوص برهمکنش های ویروس-ویروس و ویروس-میزبان در سیستم های طبیعی به دست آید. در این مطالعه، مشخص شده است که فناوری توالی یابی آر.ان.ای (rna-seq)، امکان این تحلیل را بدون مفروضات قبلی در خصوص آلودگی ها و علائم ویروسی یا ژن های میزبان فراهم می کند. توالی یابی نسل جدید امکان شناسایی بالقوه ی آلودگی های چندگانه را تسهیل می کند. پاسخ های ضد ویروسی میزبان به واسطه خاموشی آر.ان.اِ، تحت شرایط طبیعی اتفاق می افتد. از آنجایی که تحقیقات درزمینه ویروس های گیاهی به طور عمده بر بیماری های گیاهان زراعی متمرکز بوده اند، اطلاعات کمی در خصوص این ویروس ها در محیط های طبیعی وجود دارد. توالی یابی آر.ان.اِ در گیاهان مربوط به یک جمعیت طبیعی برای تعیین هم زمان حضور و عدم حضور همه ی ویروس هایی که توالی آن ها گزارش شده است، شناسایی ویروس های جدید و سنجش کمّی ترانسکریپتوم میزبان مورد استفاده قرار می گیرد. با معرفی معیارهای تعداد خوانش و پوشش ژنوم، آلودگی های ناشی از ویروس آشکار شده و برهمکنش های ذاتی و پنهان گیاهویروس می تواند کاربردهای مهمی در کنترل این عوامل بیماری زا داشته باشد.

NewGeneration Sequencing and Intrinsic VirusVirus and VirusPlant Interactions

In order to understand the ecology of viruses, it is necessary to obtain comprehensive information on virusvirus and virushost interactions in natural systems. In this study, it is found that RNA-Seq enabled this analysis without prior assumptions about infectious viruses, virus symptoms, or host genes. New generation sequencing allows identifying potential facilitators of multiple infections. Host antiviral responses occur naturally under RNA silencing. Because research into plant viruses has focused primarily on crop diseases, little is known about these viruses in the wild. RNA sequencing in plants belonging to a natural population is used to determine the simultaneous presence or absence of all viruses whose sequence has been reported, to identify new viruses, and to quantify host transcriptomes. By introducing the criteria for the number of readings and coverage of the genome, virusinduced infections and intrinsic and latent plantvirus interactions can have important applications in controlling these pathogens.