کاربرد فناوری نسل جدید توالی‌یابی در ویروس‌شناسی گیاهی

پیشرفت علم با ظهور فناوری هایی که راه های جدیدی را برای پاسخ به سوالات علمی و پیشرفت دانش فراهم می کنند، امکان پذیر است. پس از روش های بیولوژیکی، سرولوژیکی و مولکولی، فناوری نسل جدید توالی یابی (ngs) یکی از روش هایی است که اکنون درک ویروس ها را به ویژه در زمینه های شناسایی، توالی یابی ژنوم و ترنسکریپتوم، تکامل، تاکسونومی و اقدامات قرنطینه ای تغییر می دهد. این روش در کنار مشکلاتی چون ذخیره سازی، تفسیر حجم عظیمی از داده های تولیدشده، با شناسایی محتوای کل ویروسی و ترنسکریپتوم نمونه گیاهی در شرایط بیمار و سالم، تشخیص و شناسایی همه ویروس های شناخته شده و ناشناخته موجود در یک گیاه را بدون نیاز به دانش قبلی از بیمارگر مورد نظر فراهم می کند. سرعت شناسایی ویروس ها، ویروئیدها و میزبان های جدید را افزایش داده و با تشخیص به موقع می تواند از ورود ویروس ها و ویروئیدهای خارجی به مناطق جدید جلوگیری کند. شناسایی دقیق تر و سریع تر ویروس های گیاهی و اثرات کامل آنها در میزبان های مختلف یکی از مهمترین گام های مدیریت بیماری هاست. در این مقاله، با مروری بر کاربردهای ngs در تشخیص و شناسایی ویروس ها، شناسایی بیماری ها با اتیولوژی ناشناخته، اثرات متقابل میزبان و بیمارگر و موارد دیگر را مورد بحث قرار خواهیم داد.

Application of Next Generation Sequencing Technologies in Plant Virology

With progress in science, new technologies open a window to answer the questions. Besides biological, serological and molecular methods, Nextgeneration sequencing (NGS) is one of the methods that changed our understanding of plant viruses, especially in the areas of identification, genome and transcriptome sequencing, evolution, taxonomy and quarantine programs. Recent methods make it possible to detect and identify all known and unknown viruses in a plant without the need for prior knowledge of the pathogen by the identify of total viral content and transcriptome of plant samples in healthy and disease conditions whearse ther are problems such as storage and analysis and interpretation of a large amount of data produced. Increases in the speed of detection of new viruses, viroids and hosts can prevent entering new viruses and viroids from foreign countries. More accurate and faster identification of plant viruses and their full effects on different hosts is one of the most important steps in disease management. In this article, we will review the applications of NGS in the diagnosis and detection of viruses, identification of diseases of unknown etiology and the study of hostpathogen interactions.