بررسی رابطه بین گونه‎‌های پلاخور (lonicera spp.) موجود در ایران با استفاده از رمزینه کردن dna و شاخص‌‌های ریخت‌شناسانه

جنس lonicera از تیره caprifoliaceae است و در زبان فارسی به نام‌های پلاخور، شونگ و یا پیچ امین‌الدوله (honeysuckle) خوانده می‌شود. شناخت روابط بین گونه‌ای بر اساس ویژگی‌های ریخت‌‌شناسانه و بیوشیمیایی گاهی نتایج متناقضی داشته‌اند. در این مطالعه، برای شناسایی، جداسازی و تعیین روابط تبارزایی 12 گونه lonicera موجود درایران، از نشانگرهای ریخت شناسانه، رمزینه‌های dna هسته‌ای و کلروپلاستی (شامل its و matk) همراه با چند توالی دیگر از پایگاه بانک ژن ncbi استفاده گردید. dna ژنومی با استفاده از کیت‌‌های موجود استخراج و واکنش pcr برای تکثیر دو ناحیه مورد نظر انجام شد و در پایان نمونه‌‌های خالص‌‌سازی شده توالی یابی شدند. تجزیه خوشه‌‌ای بر اساس ویژگی‌های ریخت‌‌شناسانه‌‌، گونه‌‌ها را در دو گروه بزرگ قرار داد که گروه اول شامل l. sempervirens و گروه دوم شامل 11 گونه‌‌ دیگر بود. نزدیکترین رابطه ژنتیکی بین گونه‌‌های l. floribunda و l. nummulariifolia و کمترین شباهت بین گونه‌‌های l. sempervirens و l. caprifolium وجود داشت. واکاوی به عامل‌‌های اصلی (principle component analysis (pcas)) روی داده‌‌های مربوط به ریخت‌‌شناسی نشان داد که سه عامل اول در مجموع 71.1 % گوناگونی را شامل می‌‌شدند که عامل اول شامل پوشش کرکی ساقه، شکل پهنک، حاشیه برگ، شکل نوک پهنک، رنگ گل، پوشش کرکی برگ، پایین برگ و رنگ میوه، طول دمبرگ و فاصله میانگره به عنوان اجزاء اصلی، 38.8% گوناگونی را توجیه نمود. بر اساس بررسی‌‌های مولکولی، طول منطقه matk در حدود 1135-1110 نوکلئوتید بود. آنالیز پارسیمونی این ناحیه 944 جایگاه حفاظت شده، 109 جایگاه متغیر و 19 جایگاه پارسیمون را نشان داد. در درخت تبارزایی ایجاد شده بوسیله‌ی ناحیه matk جداسازی همه‌‌ی گونه‌‌ها به جز دو گونه l. korolkovii و l. maackii به خوبی صورت گرفته و در شاخه‌های جداگانه قرار گرفتند. گوناگونی و فاصله ژنتیکی بین گونه‌‌ها در ناحیه matk با فاصله ژنتیکی 0.00 تا 0.057 مشاهده شد. این مطالعه نتوانست از آغازگرهای its جواب مطلوبی حاصل نماید. بنابراین، ناحیه matk با توجه به گوناگونی و تکثیر آسان، رمزینه مناسبی برای بررسی گوناگونی ژنتیکی بین گونه‌‌های پلاخور است.

investigation of the relationship between honeysuckle species (lonicera spp.) in iran using dna barcoding and morphological markers

the genus lonicera belongs to the caprifoliaceae and in persian, it is called plakhor, shung, or honeysuckle. understanding inter-species relationships based on morphological and biochemical characteristics sometimes have conflicting results. in this study, morphological markers, and dna of nuclear and chloroplast barcodes (including its and matk) along with several other sequences from ncbi gene bank database were used to identify, differentiate and determine the phylogenetic relationships of 12 lonicera species in iran. genomic dna was extracted using existing kits and pcr reaction was performed to amplify the two gene regions and finally the purified samples were sequenced. cluster analysis based on morphological characteristics divided the species into two large groups, the first group consisting of l. sempervirens and the second group consisting of 11 other species. the closest genetic relationship was observed between l. floribunda and l. nummulariifolia and the least similarity was related to l. sempervirens and l. caprifolium. principle component analysis (pcas) of morphological data showed that the first three principal components explaining 71.1% of total variation. the first principal component is controlled by fluffy stem cover, leaflet shape, leaf margin, leaflet tip shape, flower color, fluffy leaf cover, leaf base and fruit color, petiole length and internode distance explaining 38.8% of variation. based on molecular studies, the length of the matk region was about 1110-1135 nucleotides. parsimony analysis of this area showed 944 protected sites, 109 variable sites and 19 parsimony sites. in the phylogenetic tree created by the matk region, all species were isolated except two species, l. korolkovii and l. maackii, and were placed in separate branches. the genetic diversity and distance between species were observed in the matk region with a genetic distance of 0.00 to 0.057. this study could not provide a satisfactory answer from its primers. therefore, the matk region was identified as the best region in terms of the ability to show genetic diversity between species due to its maximum diversity and easy reproduction, which can be used in future research.