molecular docking and molecular dynamics studies of ectoine drug and polyamidoamine/ectoine conjugates with the 6twk protein

The interactions of 6twk protein with ectoine drug, polyamidoamine (pamam) /ectoine and histidine modified pamam/ectoine were investigated using molecular docking and molecular dynamics simulation. based on the results of molecular docking increasing of binding energy and the decreasing of inhibition constant of the compounds, increase their inhibitory activity. protein stability in complex with these ligands was investigated using molecular dynamics simulation approach. results molecular dynamics simulation displayed that histidine modified pamam/ectoine with the lowest mean square displacement (msd) is the better suitable to deliver the ectoine drug. this causes the most controlled/diffusion of ectoine drug molecule. so, histidine modified pamam/ectoine conjugate can be introduced for further investigations on interaction of ectoine drug and 6twk protein.

مطالعات داکینگ مولکولی و دینامیک مولکولی داروی اکتوئین و مزدوج اکتوئین- دندریمر پلی امیدوامین با پروتئین 6twk

برهمکنش­های پروتئین 6twk با داروی اکتوئین، مزدوج اکتوئین دندریمر پلی­امیدوامین و مزدوج اکتوئین دندریمر پلی امیدوامین اصلاح­شده با هیستیدین با استفاده از داکینگ مولکولی شبیه­سازی دینامیک مولکولی بررسی گردید. بر اساس نتایح داکینگ مولکولی، افزایش انرژی پیوندی و کاهش ثابت بازداری ترکیبات، فعالیت بازداری آنها افزایش می یابد. پایداری پروتئین در کمپلکس با این لیگاندها با استفاده از شبیه­سازی دینامیک مولکولی مطالعه گردید. نتایج شبیه­سازی دینامیک مولکولی نشان داد که کمپلکس پروتئین با دندریمر پلیمری اصلاح شده با هیستیدین اکتوئین، کمترین مقدار میانگین مربع جابجایی، مناسب­ترین لیگاند برای پروتئین و جابجایی دارو می­باشد و این باعث می­شود که نفوذ و کنترل دارو بهتر انجام می­شود. همچنین این سیستم می­تواند برای بررسی بیشتر بر روی برهم کنش­های دارو اکتوئین و پروتئین معرفی گردد.