molecular modeling studies of triazolyl thiophenes as cdk5/p25 inhhibitors using 3d-qsar and molecular docking

Three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3d-qsar) techniques are useful methods for ligand-based drug design by correlating physicochemical descriptors from a set of related compounds to their known molecular activity or molecular property values. a novel clubbed triazolyl thiophene series of cdk5/p25 inhibitors were selected to establish 3d-qsar models using comparative molecular field analysis (comfa) and comparative molecular similarity indices analysis (comsia) methods. the optimum comfa and comsia models obtained, were statistically significant with cross-validated correlation coefficients r^2 cv (q^2) of 0.539 and 0.558, and conventional correlation coefficients (r^2) of 0.980 and 0.967, respectively. a training set containing 88 molecules and a test set containing 24 molecules served to establish the qsar models. independent test set validated the external predictive power of both models with predicted correlation coefficients (r^2 pred) 0.968 and 0.945 for comfa and comsia, respectively. molecular docking was applied to explore the binding mode between the ligand and the receptor. the information obtained from molecular modeling studies may be helpful to design novel cdk5/p25 inhibitors with desired activity.

مطالعه مدل سازی مولکولی تری آزولیل تیوفن ها به عنوان بازدارنده های CDK5/P25 با استفاده از روش های 3D-QSAR و داکینگ مولکولی

روش های ارتباط کمی ساختارفعالیت سه بعدی ( 3DQSAR) برای طراحی دارو بر پایه لیگاند بسیار مفید می باشند. یک سری جدید از تری آزولیل تیوفن ها به عنوان بازدارنده های CDK5/P25 انتخاب شده اند و با استفاده از روش های 3DQSAR (CoMFA) و (CoMSIA) مدل سازی انجام شده است. برای مدل های بهینه (CoMFA) و (CoMSIA) به ترتیب ضرایب همبستگی ارزیابی متقاطع r2cv (q2) 0.539 و 0.598 و ضرایب همبستگی (r2) 0.980 و 0.967 بدست آمده است. از یک سری آموزشی شامل 88 مولکول و یک سری پیش بینی شامل 24 مولکول برای بدست آوردن مدل ها استفاده شده است. ضرایب همبستگی مدل ها برای سری پیش بینی (r2pred) به ترتیب 0.968 و 0.945 بدست آمده است. از داکینگ مولکولی برای بررسی اتصال لیگاند و گیرنده استفاده شده است. نتایج حاصل از داکینگ مولکولی می تواند در طراحی بازدارنده های جدید مفید باشد.