بررسی مسیرهای سیگنالی متابولیسمی در سلول‌های بنیادی سرطان گلیوبلاستوما به واسطه آنالیز‌های بیوانفورماتیک

مقدمه:  گلیوبلاستوما یکی از سرطان‌های شایع مغزی بوده که نرخ مرگ و میر بالایی دارد. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن‌های موجود در مسیرهای متابولیسمی سلول‌های بنیادی گلیوبلاستوما پرداخته شد.روش کار: در این مطالعه با مراجعه به پایگاه داده geo دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در سلول‌های بنیادی جدا شده از بیماران گلیوبلاستوما بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته‌بندی شدند. برای ارزیابی دقیق‌تر داده از پایگاه های داده غنی همچون enrichr، string و gepia استفاده شد. در نهایت ژن‌هایی کاندید و جدا شدند.یافته‌ها: 1250 ژن در مسیر‌های بیوسنتز کلسترول، متابولیسم اینوزیتول تری فسفات، متابولیسم گرانیل گرانیل دی فسفات، بیوسنتز زیموسترول و متابولیسم فسفاتیدیل اینوزیتول بیان بالا داشته و 1030 ژن در مسیرهای کوندروییتین سولفات، درماتان سولفات، n استیل گلوکوزآمین، مسیر گلیکولیز بیان پایین داشتند. پس از ارزیابی ارتباط بین شبکه‌های پروتئینی، ژن‌های با بیان بالا و ژن‌های با بیان پایین انتخاب شدند. تمامی این ژن‌‌ها در منحنی بقاء، در بازه حدود 20 ماه، زنده مانی بیماران کمتر از 10% مشاهده شد.نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که ژن  dhcr7 به طور معنی‌داری افزایش بیان داشته و ژن eno2 نیز به طور معنی‌داری کاهش بیان داشته و بقیه ژن‌ها افزایش بیان و کاهش بیان نسبی داشتند.

bioinformatics analysis of metabolic signaling pathways in glioblastoma cancer stem cells

introduction: glioblastoma is one of the common brain cancers that has a high mortality rate. in this study, the genes present in the metabolic pathways of glioblastoma stem cells were examined and nominated using bioinformatics analysis.method: in this study, an appropriate dataset was selected for analysis by referring to geo database. this dataset included gene expression profiles in stem cells isolated from glioblastoma patients. gene clusters with high and low expression were categorized. rich databases such as enrichr, string, and gepia were used for more accurate data evaluation. finally, candidate genes were isolated.results: 1250 genes were highly expressed in cholesterol biosynthesis, inositol triphosphate metabolism, geranyl diphosphate metabolism, zymosterol biosynthesis, and phosphatidylinositol metabolism, and 1030 genes were low in chondroitin sulfate, dermatan sulfate, n acetyl glucosamine, and glycolysis pathways. after evaluating the relationship between protein networks, genes with high and low expression were selected. all these genes were observed in the survival curve, in about 20 months. the survival rate of patients was less than 10%.conclusion: the results of this study showed that the dhcr7 gene had a significant increase in expression. however, the eno2 gene had a significant decrease in expression. the rest of the genes had a relative increase and decrease in expression.