مقایسه کمی زوج درخت‌های حاصل از درخت‌های فیلوژنتیکی ژن و پروتئین برای آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، درخت‌های 5srrna و تاکسونومی در گونه‌های منتخب باکتریایی

مقدمه: خانواده پروتئینی fadfr دارای کوفاکتور fad می‌باشد. یکی از آنزیم‌های مهم این خانواده سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا می‌باشد. هدف این مطالعه توجه به کاربرد‌های این آنزیم در بیوتکنولوژی و صنعت این آنزیم در 19 گونه مشخص در ارتباط با تکامل است.روش: توالی‌های ژن و پروتئین سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، توالی‌های 5srrna و درخت تاکسونومی برای 19 گونه انتخابی باکتریایی استخراج شد. سپس به مقایسه کمی درخت‌های فیلوژنتیکی توالی‌های 5srrna، ژن و پروتئین با یکدیگر و با درخت تاکسونومی پرداخته شد. درخت‌های فیلوژنتیکی به کمک نرم‌افزار mega7 و با استفاده از الگوریتم neighbor joining رسم شد و درخت تاکسونومی با استفاده از taxonomy browser ncbi استخراج شد.نتایج: با مقایسه زوج درخت‌های مربوطه، درصد گونه‌های هم ارز و متوسط امتیاز هم ارزی گونه‌ها در هر زوج درخت محاسبه شد. زوج درخت ژنپروتئین بالاترین امتیاز را در هر دو کمیت به خود اختصاص داد. در مقایسه درخت تاکسونومی با سه درخت دیگر، زوج درخت ژنتاکسونومی بالاترین درصد را در متوسط امتیاز هم ارزی به دست آورد و زوج درخت پروتئینتاکسونومی بالاترین درصد گونه‌های هم ارز را کسب کرد.نتیجه گیری: بر اساس پژوهش حاضر، می‌توان دریافت که مناسب‌ترین جایگزین برای هرکدام از درخت‌هایی که در این پژوهش برای بررسی روابط تکاملی محاسبه شده است کدام است. به بیان دیگر، کدام درخت تکاملی را می‌توان جایگزین درخت تکاملی دیگری کرد.

Quantitative Comparison of Tree Pairs Resulted from Gene and Protein Phylogenetic Trees for Sulfite Reductase Flavoprotein Alpha-Component and 5S rRNA and Taxonomic Trees in Selected Bacterial Species

Introduction: FAD is the cofactor of FADFR protein family. Sulfite reductase flavoprotein alphacomponent is one of the main enzymes of this family. Based on applications of this enzyme in biotechnology and industry, it was chosen as the subject of evolutionary studies in 19 specific species.Method: Gene and protein sequences of sulfite reductase flavoprotein alphacomponent, 5S rRNA sequences, and taxonomic tree were extracted from 19 selected bacterial species. Then, phylogenetic trees of 5S rRNA and gene and protein sequences were compared with each other and with taxonomic tree. Phylogenetic trees were drawn by Mega7 software using neighborjoining algorithm and taxonomic tree was extracted using NCBI taxonomy browser.Results: By comparing the corresponding tree pairs, the percentage of equivalent species and the mean equivalence score of species were calculated for each tree pair. The geneprotein tree was allocated the highest scores in both quantities. In comparing the taxonomic tree with three other trees, genetaxonomy tree achieved the highest percentage in the mean equivalence score and proteintaxonomy tree obtained the highest percentage of equivalent species.Conclusion: Based on the results of the present research, the best replacement for each of the trees investigated in this study regarding evolutionary relations was identified. In other words, this study helps detect which evolutionary tree can be replaced for another evolutionary tree.