بررسی خصوصیات دینامیک باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال وارفارین-آزاپروپازون در پروتئین آلبومین سرم انسانی

مقدمه: آلبومین سرم انسانی یکی از مهم‌ترین پروتئین‌های خون است که توانایی اتصال به گستره زیادی از مواد مختلف و داروهای مختلفی مانند وارفارین را دارد؛ بنابراین شناخت سرم آلبومین در مطالعات دارویی نقش بسیار مهمی دارد. در این پژوهش به مطالعه دینامیک باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال وارفارین سرم آلبومین پرداخته شد.روش: ابتدا ساختار 3 بعدی آلبومین (pdb id:4g04) از پایگاه داده rcsb دریافت شد. سپس به کمک بسته نرم‌افزاری گرومکس شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مدت 30 نانوثانیه بر روی زنجیره آی این ساختار کریستالوگرافی انجام شد.نتایج: با استفاده از آنالیز rmsd که بر روی باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال انجام شد، مشاهده شد که 2 باقی‌مانده آرژینین 186 و 218 دارای تغییرات rmsd زیادی هستند، 2 باقی‌مانده لیزین 185 و 190 تقریباً دارای تغییرات زیادی هستند؛ ولی از آرژینین‌ها کمتر است و باقی‌مانده‌های دیگر مانند گلیسین 189 دارای تغییرات بسیار کمی هستند. تغییرات rmsd باقی‌مانده‌ها با سطح در دسترس حلال رابطه مستقیم دارد.نتیجه‌گیری: نتایج به دست آمده نشان داد که جایگاه اتصال وارفارین در آلبومین می‌تواند وضعیت‌های کنفورماسیونی متنوعی با توجه به دینامیک باقی‌مانده‌های خود بگیرد. این مسئله می‌تواند در طراحی دارو بسیار مهم باشد. در کل بر اساس نتایج، باقی‌مانده‌ها به 3 دسته تقسیم شدند. از میان آن‌ها تریپتوفان 214 که بر اساس مقالات مختلف یکی از مهم‌ترین باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال به حساب می‌آید جزء کم تحرک‌ترین باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال دسته‌بندی شد.

Investigating Dynamic Properties of Residues of Warfarin-Azapropazone Binding Site in Human Serum Albumin

Introduction: Human Serum Albumin (HSA) is one of the most important proteins in blood that can bind a wide range of components and different drugs such as Warfarin and is also circulated in the body by HSA. Therefore, studying HSA is very significant in pharmacology. In this research, dynamic behavior of residues of Warfain binding site of HSA has been investigated.Methods: Firstly, PDB format of HSA was downloaded from RCSB (PDB ID:2BX8) which was in complex with Azapropazone. After that, molecular dynamics simulation was during 30ns by GROMACS package. CHIMERA software was used to discover residues of binding site.Results: After RMSD analysis was done on residues of binding site, it was seen that Arginines 186 and 218 have a wide fluctuations in their RMSD plot. Also, two Lysines 185 190 have nearly wide fluctuations of RMSD, this fluctuations were less than Argininechr('39')s, however. Other residues such as Glycine 189 have few fluctuations. Fluctuations in RMSD have direct relationship with accessible surface area (ASA) of the residues.Conclusions: The results show that the Warfarin binding site in HSA can have various conformational situations because of the dynamics of its residues. This problem can be important to drug design. Overall, according to the results in this study, residues have been divided into 3 categories. Among them, Tryptophan 214 according to different articles is one of the most important residues site and based on our result, it stays on category of small mobility.