>
Fa   |   Ar   |   En
   طراحی، مدل‌سازی و آنالیز محاسباتی Crrna برای تنظیم در سطح پسارونویسی Metastamir-10b و Metastamir-126 با استفاده از تکنیک (Crispr-C2c2 (Cas13a  
   
نویسنده ابراهیمی ترکی فاطمه ,بوربور مهسا ,ضرابی محبوبه
منبع انفورماتيك سلامت و زيست پزشكي - 1398 - دوره : 6 - شماره : 4 - صفحه:320 -332
چکیده    مقدمه: یکی از مهم‌ترین دلایل مرگ‌و‌میر در بین بیماران سرطانی متاستاز است. اخیراً نشان داده شده است که گروه خاصی از mirna‌ها(microrna) که metastamir نامیده می‌شوند دارای اثر متاستاتیکی هستند. mir126 ارتباط مشخصی با متاستاز سرطان روده به کبد دارد. همچنین در متاستاز سرطان سینه mir10b بیان بیش از حد پیدا می‌کند؛ بنابراین کاهش سطح بیان این mirna‌ها می‌تواند نقش مهمی در کاهش احتمال متاستاز داشته باشد. در این تحقیق تکنیک crisprc2c2(cas13a) به منظور هدف‌گیری پیش‌سازهای mirna جهت کاهش اثر متاستاتیکی آن‌ها مورد بررسی قرار گرفت.روش: پژوهش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری انجام شد. ساختار آنزیم c2c2 از پایگاه داده rcsb و توالی‌های mirna و پیش‌سازهای آن‌ها از پایگاه‌های داده mirbase و mirnamap تهیه شدند. با استفاده از سیستم برخط crisprrt، crrna‌های هدف گیرنده توالی مورد نظر طراحی و از نظر اختصاصیت مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. ساختار سه بعدی crrna‌های طراحی شده با استفاده از نرم‌افزار rnabuider2.8.2 شبیه‌سازی و به منظور بررسی نحوه اتصال و سطح انرژی اتصالی crrna با آنزیم c2c2(cas13a) از سرور hdock استفاده شد.نتایج:crrna طراحی شده با هدف mir126 مشابهت ساختاری بالا با وضعیت مشاهده شده در طبیعت نشان داده و جهت گیری مناسب حاصل شد. در مورد crrna طراحی شده به منظور هدف گیری mir10b با وجود اختصاصیت بالا جهت گیری درستی ایجاد نشد.نتیجه گیری: بررسی توالی محور crrna‌های طراحی شده برای ویرایش در سطح rna کافی نیست و توصیه می شود در کنار بررسی های برپایه اختصاصیت، شبیه سازی و داکینگ مولکولی به منظور دقت هر چه بیشتر انجام شود.
کلیدواژه -Crispr-C2c2(Cas13a)- Metastamir‌، مهار متاستاز Crrna- Crispr-Rt
آدرس دانشگاه الزهرا‌, دانشکده علوم زیستی, آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی دانشکده علوم زیستی, گروه بیوتکنولوژی, ایران, دانشگاه الزهرا‌, دانشکده علوم زیستی, آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی دانشکده علوم زیستی, گروه بیوتکنولوژی, ایران, دانشگاه الزهرا, دانشکده علوم زیستی, گروه بیوتکنولوژی, آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی, ایران
پست الکترونیکی mzarrabi@alzahra.ac.ir
 
 

Copyright 2015
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved