بررسی بیوانفورماتیکی تاثیر فاکتور نورون‌زایی مشتق ‌شده از مغز بر میزان بیان ژن در رده سلولی Sh-Sy5y

مقدمه: با توجه به اهمیت بررسی و شناسایی مسیرهای حفاظتی bdnf، تحقیق اخیر با استفاده از پایگاه‌های داده بیوانفورماتیکی با هدف آنالیز میزان بیان ژن‌های ثبت شده در پایگاه داده ncbi به منظور شناخت ژن‌های بیان شده در رده سلولی shsy5y در نتیجه تیمار با bdnf و استرس اکسیداتیو و شناسایی مسیر‌های حفاظتی bdnf انجام شد.روش: در مطالعه حاضر با استفاده از سرورهای بیوانفورماتیکی و پایگاه داده ncbi و با جستجوی کتابخانه‌هایی حاوی بیش از 48000 واحد داده حاصل از تجزیه و تحلیل نرم افزار illumina و bid studio با نمونه‌برداری دستی در مرحله نخست (بر اساس p value) و در مرحله دوم بر اساس میزان ارتباط با سازگاری نورون توسط نرم‌افزار spss نسخه 20 میزان همبستگی پیرسون و همبستگی اسپیرمن و رابطه خطی با سنجش میزان برازش یا رگرسیون اندازه‌گیری و آنالیزها انجام شد.نتایج: همبستگی پیرسون بین داده‌های ctr و cmp مثبت و رابطه خطی بین آن‌ها با اندازه‌گیری رگرسیون مثبت تایید گردید. بر اساس نتایج به دست آمده، درصد پروتئین‌های سازگار کننده نورون از داده‌های ctr نسبت به داده‌های cmp بیشتر بود. بیشترین پروتئین‌های حفاظت نورون مربوط به حفظ شکل سلول و اسکلت سلولی و مرتبط با بقای نورون بودند.نتیجه‌گیری: در نتیجه تماس نورون‌ها با bdnf، برخی از ژن‌ها به صورت اختصاصی بیان شدند؛ بنابراین این عامل می‌تواند سبب افزایش طول عمر و سازگاری بیشتر نورون‌ها باشد.

Bioinformatics Study of the Effect of Brain-derived Neurogenic Factor (BDNF) on Gene Expression in SH-SY5Y Cell Line

Introduction: Considering the importance of the evaluation and identification of BDNF protective pathways, this study was conducted to analyze the expression rate of genes registered in the NCBI database to identify the genes expressed in SHSY5Y cell line due to BDNF protection and oxidative stress and also to identify the protective pathways of BDNF.Method: In this study, bioinformatics and NCBI databases and libraries including 48000 datasets were explored and data were collected using Illumina and Bid studio software. In the first phase, sampling was performed manually based on the Pvalue, and in the second phase, based on the relationship with compatibility of neurons, the Pearson correlation coefficient, Spearmanchr('39')s correlation coefficient, and linear relationship were calculated by measuring fit or regression using SPSS version 20.Results: The Pearson correlation between CMP and CTR data was positive; and the linear regression between them was also positive. The frequency percentage of neuron adapter proteins obtained from CTR data was higher than that from CMP data; and a great number of protective proteins were related to the protection of cell shape and cellular skeleton, and neuron survival.Conclusion: Due to the contact of neurons with BDNF, some genes are specifically expressed, therefore, BDNF can increase the life and compatibility of neurons.