ارزیابی تنوع ژنتیکی و شناسایی ارتباط خصوصیات دانه با نشانگر‌های ssr و scot در لوبیا

تحقیق حاضر به‌منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 18 رقم و لاین امید‌بخش لوبیا و شناسایی نشانگرهای آگاهی‌بخش ssr و scot مرتبط با 14 خصوصیت دانه شامل تعداد دانه در غلاف، وزن 100 دانه، طول دانه، عرض دانه، پروتئین خام، قند محلول کل، نشاسته، میزان چربی، خاکستر، غلظت آهن، کلسیم، منیزیوم، روی و اسید اورونیک انجام شد. میزان محتوای چند‌شکلی (pic) برای نشانگر ssr از 0.2 تا 0.5 با متوسط 0.39 و برای نشانگر scot بین 0.19 تا 0.42 با میانگین 0.34 متغیر بود. میانگین کل قدرت تفکیک نشانگر ssr و scot به‌ترتیب برابر 1.54 و 5.34 بود که می‌تواند بیانگر مناسب‌تر بودن نشانگر scot نسبت به نشانگر ssr برای بررسی تنوع ژنتیکی در ژنوتیپ‌های مورد مطالعه‌ی لوبیا باشد. با دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای با استفاده از هر دو نشانگر، ژنوتیپ‌های لوبیا به سه گروه متفاوت دسته‌بندی شدند. تجزیه به مختصات اصلی برای نشانگر ssr نشان داد که مجموع تغییرات توجیه شده توسط دو مولفه اول برابر با 59.05 درصد و برای نشانگر scot تنها 25.43 درصد بود که این موضوع می‌تواند نشان‌دهنده پراکنش بهتر نشانگرهای scot نسبت به نشانگرهای ssr در سطح ژنوم لوبیا باشد. تجزیه واریانس مولکولی بر اساس گروه‌بندی حاصل از تجزیه خوشه‌ای نشان داد که تنوع داخل گروه بر اساس نشانگرهای ssr و scot به‌ترتیب برابر با 89 و 78 درصد بود. نتایج تجزیه رگرسیون بین نشانگرهای مورد بررسی و خصوصیات دانه لوبیا نشان‌دهنده‌ی وجود ارتباط معنی‌دار هر نشانگر با چندین صفت مورد بررسی بود که این موضوع می‌تواند بیانگر ارتباط یا پیوستگی مکان‌های نشانگری باشد. دوازده صفت از 14 خصوصیت مورد بررسی دانه لوبیا با حداقل یک نشانگر مولکولی ارتباط معنی‌دار نشان دادند.

evaluation of genetic diversity and identifying relationships of seed characteristics with ssr and scot markers in common bean

the current research was carried out to evaluate genetic diversity of 18 common bean cultivars and promising lines and to determine ssr and scot informative markers associated with 14 seed characteristics including the number of seeds per pod, 100 seed weight, seed length, seed width, the contents of crude protein, total soluble sugar, starch content, crude fat, iron, calcium, magnesium, zinc, uronic acid, and mineral ash. the polymorphism information content (pic) values varied from 0.2 to 0.5 with an average of 0.39 for the ssr markers and from 0.19 to 0.42 with an average of 0.34 for the scot markers. the total average resolving power of ssr and scot markers were 1.54 and 5.34, respectively, indicating higher efficiency of scot markers than ssr markers for the diversity analysis. the common bean studied genotypes were clustered into three distinct groups for both markers based on the complete linkage method. principal coordinate analysis (pcoa) for the ssr markers revealed that the first two principal components justified 59.05% of whole variation. for the scot marker, on the other hand, the fraction of variances explained by the first two principal components was equal to 25.43 indicating a better distribution of scot markers than ssr markers in the common bean genome. analysis of molecular variance based on the grouping obtained from cluster analysis showed that the diversity within the group based on ssr and scot markers was equal to 89 and 78%, respectively. the results of regression analysis for the studied markers and the bean seed characteristics showed the existence of a significant relationships between a single marker with the several studied traits. this could indicate the association or linkage of the marker locations. twelve out of 14 of the investigated common bean seed characteristics showed a significant relationship with at least one molecular marker.