تحلیل و بررسی فیلوژنتیکی برخی ژنوتیپ‌های گیاه لوفا (luffa cylindrica) بر اساس توالی ناحیه بین‌ژنی trnh-psba

لوفا با نام علمی luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است که بیشتر در مناطق گرمسیری و نیمه‌گرمسیری جهان از جمله در اکثر مناطق ایران رشد می کند. در ‌این تحقیق تنوع ژنتیکی 9 ژنوتیپ بومی و غیر بومیl. cylindrica  از طریق ارزیابی ناحیه بین‌ژنی trnh-psba (igs) کلروپلاستی مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان، استخراج dna به‌روش دلاپورتا و pcr با استفاده از آغازگرهای ناحیه بین‌ژنیigs  انجام شد. محصولات تکثیر شده پس از تعیین توالی، با استفاده از نرم‌افزار chromas تعیین کیفیت شده و سپس با برنامه clustalw توسط نرم‌افزارهای bioedit وmega7 هم‌ردیف‌سازی شدند. در ادامه نمودار درختی روابط فیلوژنی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها تعیین و ترسیم شدند. در تحقیق حاضر با بررسی قرابت‌ها با استفاده از نشانگر trnh-psba (igs) در میان نمونه‌های مورد مطالعه، تنوع شدید درون‌گونه‌ای در l. cylindrica بومی و ‌غیربومی مشاهده شد. ماتریس فاصله ژنتیکی بین نمونه‌های بررسی شده در ‌این تحقیق از صفر تا 6.865 با میانگین کلی فاصله 2.53 بود. مقدار متوسط جایگزینی‌های مترادف و غیرمترادف (dn/ds) برای توالی igs ds/dn = 0.68 بود که نشان‌ دهنده گزینش‌های مثبت و خالص در روند انتخاب طبیعی ژنوتیپ‌های مورد مطالعه می‌باشد. تاکنون هیچ مطالعه‌ای در خصوص بررسی مولکولی و شناسایی ژنوتیپ‌های بومی مختلف گیاه لوفا در ایران و مطالعات فیلوژنتیکی این ژنوتیپ‌ها صورت نگرفته است. در این تحقیق از نشانگر trnh-psba (igs) استفاده شد تا تنوع موجود در برخی از ژنوتیپ‌های لوفای بومی و غیربومی بررسی و فاصله ژنتیکی آن‌ها تعیین شود. نتایج ‌این تحقیق نشان داد که بر اساس درخت فیلوژنی و بررسی فواصل ژنتیکی با کمک نشانگر trnh-psba تنوع درون‌گونه‌ای ‌این گونه گیاهی به‌خوبی قابل ارزیابی می‌باشد.

phylogenetic analysis of some luffa genotypes based on the sequence of intergenic region of trnh-psba

luffa (luffa cylindrica) is a plant from the cucurbitaceae family that grows mostly in tropical and subtropical regions, as well as in most regions of iran. in this research, the genetic diversity of nine native and non-native genotypes of l. cylindrica was investigated through the evaluation of the chloroplast trnh-psba intergenic region (igs). after sampling the young leaves, dna extraction was performed by using the dellaporta method, and pcr was conducted by using igs intergenic region primers. after sequencing of the amplified products, their quality was determined using chromas software and then aligned using clustalw method by bioedit and mega7 softwares. next, the dendrogram of phylogenic relationships was drawn and the matrix of the difference and similarity of the sequences were determined. in the present research, by analyzing the relationships between studied samples, based on the trnh-psba (igs) marker, a strong intraspecies variation was observed in native and non-native l. cylindrical genotypes. the genetic distance matrix between the samples examined in this research ranged from 0 to 6.865 with an overall average distance of 2.53. the average value of synonymous and non-synonymous substitutions (dn/ds) for the igs sequence was ds/dn = 0.68, which indicates positive and pure line selections in the process of natural selection of studied genotypes. the results of this research showed that trnh-psba is a suitable marker for evaluation of the intraspecific diversity of luffa species.