بررسی پتانسیل واکسن بودن پروتئین vcec علیه باکتری بیماری‌زای آبزی vibrio cholerae و طراحی واکسن پپتیدی زیرواحدی بر اساس توالی آمینواسیدی این پروتئین با روش‌های تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک

Vibrio cholerae یک باکتری بیماری‌زای آبزی است که سویه‌های مختلف آن باعث ایجاد بیماری‌هایی چون وبا، اسهال حاد، مننژیت و سپتی‌سمی می‌شوند. با توجه به مقاومت سویه‌ها به آنتی بیوتیک‌های گوناگون، تولید واکسن‌های موثر بر تمامی سویه‌های بیماری‌زا می‌تواند یکی از بهترین روش‌های مبارزه باشد. از این رو، در این مطالعه پتانسیل واکسن بودن پروتئین vcec علیه باکتری v. cholerae با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفت و در کنار تعیین ویژگی‌های آنتی‌ژنی، ویرولانسی و فیزیکوشیمیایی پروتئین نام برده، نقشه‌برداری اپیتوپ‌های b و t به منظور طراحی بهترین واکسن زیرواحدی انجام شد. نتایج نشان داد که این پروتئین دارای ویژگی‌های بهینه از جمله حضور در سطح تمامی سویه‌های مورد مطالعه، پایداری و نیمه عمر بالا، مقاومت به دما و همچنین حلال بودن در هنگام بیش‌بیانی است. همچنین نقاط آنتی‌ژنیک و اپیتوپ‌های خطی و فضایی زیادی در طول توالی و ساختار پروتئین مشاهده شد. با توجه به موقعیت مکانی و ویژگی‌های آنتی‌ژنیک، دو واکسن زیرواحدی خطی و فضایی طراحی شد که می‌توانند علیه بیماری‌زایی سویه‌های مختلف باکتری v. cholerae مورد آزمایش و استفاده قرار گیرند.

Evaluation of VceC protein as a vaccine against the aquatic pathogenic bacterium Vibrio cholerae and design a subunit peptide vaccine based on VceC amino acid sequence

Vibrio cholerae is an aquatic pathogenic bacterium whose various strains cause diseases such as cholera, acute diarrhea, meningitis and sepsis. Due to the resistance of the strains to different antibiotics, the production of lowrisk vaccines that affect all pathogenic strains can be the best method of control. Therefore, in this study, the vaccine potential of VceC outer membrane protein against V. cholerae was evaluated using bioinformatics methods. In addition to determining antigenicity, virulence, and physicochemical properties, B and T cell epitope mapping was performed to design the best peptide subunit vaccine. The results showed that the protein has optimal properties such as presence in all the studied strains, stability and long halflife, good temperature resistance, and solubility during overexpression. Numerous antigenic regions and linear and spatial epitopes were also observed along the protein sequence and structure. According to the location and antigenic properties, two linear and conformational subunit vaccines were designed that can be tested and used against the pathogenicity of different strains of V. cholerae.