بررسی بیوانفورماتیکی اثر mirnas بر بیان ژن‌‌های دخیل در فرآیند نورونزایی در مغز ماهی گورخری (danio rerio)

Micrornaهای (mirna) مختلفی در فرآیند تمایز سلول های عصبی و نورون زایی در مغز مهره داران نقش دارند، اما بررسی های انجام شده بر mirnaهای در ماهیان و تعیین ژن های هدف آن‌ها بسیار محدود است. ریزآرایه به عنوان یک روش استاندارد برای مطالعه کلی ژن های تحت کنترل mirna‌ها است. اما هزینه بسیار زیاد این روش، استفاده از آن را در بسیاری از مواقع محدود کرده است. این در حالی است که با پیشرفت الگوریتم بیوانفورماتیکی و مدل سازی کامپیوتری می توان اهداف mrna را برای mirna پیش بینی کرد. از این رو، در مطالعه حاضر تلاش شده است تا از طریق بررسی بیوانفورماتیک ژن ها و mirnaهای دخیل در تنظیم ژن های فعال در تمایز سلول های عصبی و نورون زایی در مغز ماهی گورخری، با استفاده از نرم افزارهای پایگاه های target scan و diana ژن ها و mirnaهای مربوطه شناسایی شود. نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی انجام شده نشان داد که بیان ژن های neurod6b، neurod2، neurod4، olfm1a و olfm1b، gle1، sox11a و sox11b، cadm1b، notch2 و notch1b با بیشترین احتمال ممکن است در مسیر نورون‌زایی تحت تاثیر dremirnas قرار گیرند. از این رو به نظر می رسد که محصول این ژن ها می تواند به عنوان کاندیدای مناسب جدیدی برای بررسی های تجربی شناخت مسیر نورون زایی در مغز ماهی گورخری در نظر گرفته شود.

Bioinformatics evaluation of the miRNAs effect on expression of genes involved in neurogenesis process in zebrafish (Danio rerio)

Several microRNAs (miRNAs) are involved in the differentiation of neurons and neurogenesis in vertebrates’ brain. However, there is scant knowledge of miRNAs and their target genes in fish. Microarray is recognized as a standard method for a general study of genes that are under miRNAs’ control, although the high cost of this method has limited its application. With advances in bioinformatics algorithms and computer simulation, mRNA targets for miRNAs can be predicted. Therefore, this study tries to determine genes and the relevant miRNAs by investigating the bioinformatics of genes and miRNAs involved in regulating active genes in differentiating neurons and neurogenesis in the brain of zebrafish with the help of Target Scan and DIANA tools. The results of bioinformatics investigations indicate that expression of neurod6b, neurod2, neurod4, olfm1a and olfm1b, gle1, sox11a and sox11b, cadm1b, notch2 and notch1b genes is more likely to be influenced by dremiRNAs during neurogenesis. Therefore, the product of these genes can be used as a new appropriate candidate in experimental studies for understanding neurogenesis in the brain of zebrafish.