شناسایی ژن‌های موثر جدید در پیشبرد مقاومت به اریترومایسین در کمپیلوباکتر ژژونی با بهره‌گیری از ابزار بیوانفورماتیکی

آنتی‌بیوتیک‌های ماکرولید برای درمان عفونت‌های ناشی از کمپیلوباکترژژونی مهم هستند. ایجاد مقاومت در برابر این دسته از آنتی‌بیوتیک‌ها در کمپیلوباکتر فرایندی پیچیده توام با تغییرات مولکولی پویا است که به خوبی تعریف نشده‌اند. در پژوهش حاضر برای پرکردن جای خالی موجود در ارتباط با ایجاد مقاومت آنتی‌بیوتیکی به درمان با اریترومایسین، پاسخ ترنسکریپتومیک کمپیلوباکترژژونی سویه‌ی 11168 nctc به درمان با اریترومایسین (ery) با روش میکرواری تعیین شد. داده‌های به‌دست‌آمده شناسایی، استخراج و با ابزارهای آنلاین geo2r و نرم‌افزارr آنالیز شدند. ژن‌های با بیشترین بیان افتراقی با استفاده پارامترهای p<0.05 و |1<|logfc شناسایی شدند. سپس، بیان ژن‌های مرتبط جدا و برای ژن‌های با افزایش بیانی، توسط پایگاه‌ داده string شبکه پروتئینی در نظر گرفته ‌شد و با نرم‌افزار  cytoscapeرسم شد. با شناسایی ژن‌های مختلف با کاهش و یا افزایش بیان معنادار، مشخص شد مجموعه‌ای از ژن‌های flaa, flab, flgb, cmec, sdha, sdhb می‌توانند در مقاومت آنتی‌بیوتیکی کمپیلوباکتر ژژونی نسبت به درمان با آنتی‌بیوتیک اریترومایسین نقش داشته ‌باشند. در این مطالعه با بررسی اهداف، اثرگذاری و آنالیز عملکردی این ژن‌ها، راهکارهای مناسبی برای مهار مقاومت ارائه‌ گردید.

identification of new effective genes in promoting erythromycin resistance in campylobacter jejuni by using bioinformatics tools

macrolide antibiotics are important for the treatment of campylobacter jejuni infections. resistance to this class of antibiotics in campylobacter is a complex process with dynamic molecular changes that are not well defined. in the present study, to fill the gap related to antibiotic resistance to erythromycin treatment, the transcriptomic response of campylobacter jejuni strain nctc11168 to erythromycin (ery) treatment was determined by microarray method. the obtained data were identified, extracted and analyzed with geo2r online tools and r software. genes with the highest differential expression were identified by using parameters p<0.05 and logfc |>1|. then, the expression of the related genes was separated and for the genes that had an increase in expression, the protein network was predicted through the string database and visualized with the cytoscape software. by identifying different genes that had a significant decrease or increase in expression, it was found that a set of flaa, flab, flgb, cmec, sdha, sdhb genes can play a role in the antibiotic resistance of campylobacter jejuni to the treatment with erythromycin antibiotic. in this study by examining the goals, effectiveness and functional analysis of these genes, suitable solutions to curb the resistance were presented.