بررسی بیوانفورماتیک میکرو rna های موثر بر بیان ژن‌های دخیل در فرآیند ترمیم و بازسازی بافت ماهی گورخری (danio rerio)

بازسازی یک فرآیند درون‌زا است که با ترمیم کامل عملکرد بافت و اندام به اوج خود می‌رسد. در حالی که ظرفیت بازسازی در پستانداران محدود به بافت‌های خاصی است، مهره‌داران پست‌تر مانند ماهی گورخری توانایی بازسازی کل اندام‌ها و اکثر بافت‌های بالغ را دارند. میکرو rna ها، مولکول‌های کوچک غیر کد شونده‌ای هستند که از طریق کنترل بیان ژن‌های هدف، فرآیندهای زیستی مختلف (مانند ترمیم، تمایز و آپوپتوز) را تنظیم می‌کنند. یک چالش مهم در مطالعه میکرو rna ها، شناسایی و پیش‌بینی ژن‌هایی است که به‌وسیله این مولکول‌های کوچک مورد هدف قرار می‌گیرند. در سال‌های اخیر روش‌های مختلفی مانند ریز آرایه، نورترن بلات و qrt-pcr جهت شناسایی ژن‌های هدف میکرو rna ها معرفی شده است اما هزینه بسیار زیاد، استفاده از این روش‌ها را محدود کرده است. با پیشرفت روش‌های محاسباتی و الگوریتم‌های بیوانفورماتیک می‌توان ژن‌های هدف میکرو rna ها را با هزینه کمتری شناسایی و پیش‌بینی نمود. در این مطالعه تلاش بر این بود که با یک رویکرد بیوانفورماتیک، ژن‌ها و میکرو rna های دخیل در فرآیند ترمیم و بازسازی بافت‌های ماهی گورخری (danio rerio) را با استفاده از نرم‌ افزارهای پایگاه‌های اطلاعاتی target scan و diana شناسایی کنیم. نتایج نشان داد که بیان ژن‌های stat3, dot1l, pax6b, smarca5, mmp9, cx43, tnfb, sox2, ascl1a و hspd1 با بیشترین احتمال ممکن است در فرآیند ترمیم و باز‌سازی بافت‌های ماهی زبرا تحت تاثیر میکرو rna های مختلف تنظیم شود. بنابراین، ژن‌های یاد شده جهت بررسی آزمایشگاهی ژن‌های دخیل در فرآیند ترمیم و بازسازی بافت گونه مورد نظر می‌توانند کاندیدای مناسبی باشند.

bioinformatics study of micrornas effect on the expression of genes involved in the process of tissue repair and regeneration of zebrafish (danio rerio)

regeneration is an endogenous process that culminates in restoring tissue and organ function completely. while the regeneration capacity in mammals is limited to specific tissues, lower vertebrates such as zebrafish can regenerate entire organs and most adult tissues. micrornas are small non-coding molecules that regulate various biological processes (such as repair, differentiation, apoptosis, etc.) by controlling the expression of target genes. an important challenge in the study of micrornas is to identify and predict the genes that are targeted by these small molecules. in recent years, various methods such as microarray, northern blot, and qrt-pcr have been introduced to identify the target genes of micrornas, but the high cost has limited the use of these methods. with the advancement of computational methods and bioinformatics algorithms, target genes of micrornas can be identified and predicted at a lower cost. in this study, an attempt was made to identify the genes and micrornas involved in the repair and regeneration processes of zebrafish (danio rerio) tissues using the software of target scan and diana databases with a bioinformatics approach. this research showed that the expression of stat3, dot1l, pax6b, smarca5, mmp9, cx43, tnfb, sox2, ascl1a, and hspd1 genes is most likely to be regulated in the process of repair and regeneration of zebrafish tissues under the influence of different micrornas. therefore, the mentioned genes can be suitable candidates for the laboratory investigation of genes involved in the tissue repair and regeneration process of the desired species.