بهبود تشخیص کمپلکس های پروتئینی مبتنی بر خوشه بندی دوگانه داده های بیان ژن

با توجه به نقش کمپلکس‌های پروتئینی در انجام بسیاری از کارکردهای سلولی موجودات زنده، کشف آن‌ها می‌تواند به درک عمیق‌تر سازوکار‌های تنظیمی سلول، توصیف فرآیند تکامل در سیگنال‌ها‌ی سلولی، پیش‌بینی عملکرد زیستی پروتئین‌های کشف‌شده و از همه مهم‌تر تحقق اهداف درمانی(تشخیص بیماری و طراحی دارو) منجر شود. رویکردهای محاسباتی ارائه‌شده تاکنون به‌ منظور تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی، به ‌طور عمده بر خوشه‌بندی شبکه ‌برهم‌کنش پروتئین-پروتئین تمرکز دارند و این در حالی است که شبکه‌های ‌برهم‌کنش، علاوه ‌بر این که نوفه‌دار می‌باشند، به‌تنهایی، فاقد سازوکار لازم برای در نظر گرفتن ماهیت پویای سلول در فرآیند تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی می‌باشند. در این مقاله، مدلی سه لایه مبتنی‌ ‌بر رویکرد خوشه‌بندی ‌دوگانه برای تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی از منابع داده‌ای‌ مختلف ارائه‌ شده است. لایه‌های اول، دوم و سوم مدل پیشنهادی، به ترتیب وظیفه پویاسازی، کاهش نویز و تشخیص نهایی کمپلکس‌های پروتئینی را بر عهده ‌دارند. مجموعه ارزیابی‌های مختلف،‌ نشان می‌دهد که روش پیشنهادی توانسته است با استفاده از منابع داده‌ای مختلف در لایه‌های سه‌گانه، ضمن مدیریت بهتر چالش‌های اصلی مسئله‌ مانند نوفه‌دار بودن منابع داده‌ای و ضرورت مدل‌سازی پویای فرآیند تشخیص به کمک داده های بیان ژن، دقت فرآیند تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی را بر اساس سنجنده‌‌های مرتبط و در شرایط گوناگون، به میزان قابل ‌توجهی بهبود دهد.