ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین Lysmدر ژنوم قارچ F. Oxysporum F. Sp. Lycopersici

قارچ (fol) fusarium oxysporum f. sp. lycopersici در طی کلونیزه کردن آوند گیاه گوجه فرنگی پروتئین های کوچک اثرگذاری را به درون آوند گیاه ترشح می کند که دستگاه مقاومتی گیاه را مهار یا مختل می کند و سبب بروز بیماری می شود. تاکنون 14 پروتئین اثرگذار در این بیمارگر شناسایی شده است که هیچ یک دومین مشخصی در توالی پروتئینی خود ندارند. در دیگر قارچ های بیمارگر پروتئین های اثرگذار حامل دومین lysm جهت اتصال به کیتین و تجزیه آن شناسایی شده است. با توجه به کارکرد مهم این دومین در برهم کنش قارچ و گیاه، در مطالعه حاضر جست جو برای شناسایی ژن های اثرگذار حامل دومین lysm در قارچ fol انجام شد. در ابتدا جست جوی دومین lysm در ژنوم fol به کمک پایگاه اطلاعاتی pfam به شناسایی 17 پروتئین منتج شد که در این بین، با توجه به وزن مولکولی پایین پروتئین های اثرگذار و ترشح آنها در فضای بین سلولی، دو پروتئین فرضی به نام های follysm1 و follysm3 جهت مطالعات تکمیلی انتخاب شدند. پیش بینی ساختار ژنی مفروض با fgenesh+صورت گرفت؛ سپس، حضور ساختارهای دومینی و خصوصیات پروتئین های افکتوری مانند مناطق سیگنال پپتیدی، تعداد و موقعیت اسیدآمینه سیستیین و باندهای دی سولفیدی و وزن مولکولی در follysm1 و follysm3 پیش بینی شد. در ادامه توالی کدکننده دو پروتئین مزبور در ژنوم folتکثیر و تعیین توالی شد و با بقیه پروتئین های اثرگذار دارای دومین lysm ازنظر فیلوژنتیکی و سازماندهی دومین ها مقایسه شد. این اولین گزارش از ردیابی ژن های اثرگذار دارای دومین lysm در fol است که توالی follysm1 با شماره دستیابی ku522305 در بانک ژن ثبت شد.

Detection and amplification of LysM effector genes in F. oxysporum f. sp. lycopersici

During the infection while the xylem is colonized by the F. oxysporum f. sp. Lycopersici (Fol) several effector proteins have been secreted into the xylem that suppress the plant rsquo;s defense response and enable parasitic colonization. So far, 14 effector proteins have been reported in Fol. However, there are no identified domains in their sequences. LysM effector proteins were identified in some plant pathogenic fungi and involved in sequestering chitin oligosaccharides. Here, considering the role of LysM effector proteins in plantpathogen interactions, we searched for candidate effector proteins possessed Lysin (LysM) domains in the genome of FOL. Hence, the LysM domain was searched in the WGS data bank of Fol using Pfam tool and 17 proteins were identified. Two proteins, FolLysM1 and FolLysM3, were selected based on low molecular weight and present of signal peptide in their sequences. Prediction of the gene structures preformed using FGENESH tools and domain structures and effector characters including signal peptide, number and position of cysteine residues, disulfide bond connectivity and molecular weight of proteins were predicted. The entire nucleotide sequences of the coding region of their genes were determined by PCR and phylogeny of lysM effector proteins was studied. Furthermore, the domain organization of these proteins was compared with that of other lysM effector proteins. This is a first report of detection of lysM effector genes in Fol.