تعیین ژن‌های hub و micrornaهای مربوط به آن‌ها در سرطان پستان از نوع سه گانه منفی

سرطان پستان یکی از شایع‌ترین سرطان‌های دنیا در بین زنان است و سرطان پستان سه گانه منفی یکی از انواع سرطان پستان است. سرطان پستان سه گانه منفی فاقد گیرنده‌های سطح سلولی شایع شامل گیرنده‌های استروژن، پروژسترون و فاکتور رشد اپیدرمی است. هدف این مطالعه بررسی ژن‌های کلیدی تغییر بیان یافته و mirnaهای مربوط به آن‌ها در سرطان پستان سه گانه منفی و پیشنهاد راه‌کارهای درمان مولکولی است. ابتدا داده‌های ریز آرایه mrna (gse113865) و mirna (gse154255) برای یافتن ژن‌ها و mirnaهای تغییر بیان یافته از پایگاه geo دریافت و با برنامه r بررسی شدند. برهمکنش پروتئین-پروتئین با استفاده از پایگاه string و برنامه cytoscape برای یافتن ژن‌های hub و رتبه آن‌ها بررسی شد. مسیرهای سلولی ژن‌های hub با وبگاه enrichr و r بررسی شد. در ادامه از پایگاه داده mirdb و mirwalk، mirnaهایی که ژن‌های hub را مورد هدف قرار می‌دهند یافت شدند و اشتراک آن‌ها با mirnaهای تغییر بیان یافته بررسی شد. ژن ube2c ﺑﯿﺸﺘﺮﯾﻦ اﻓﺰاﯾﺶ ﺑﯿﺎن و ژن saa1 ﺑﯿﺸﺘﺮﯾﻦ ﮐﺎﻫﺶ ﺑﯿﺎن را داﺷﺘﻨﺪ. 6 ژن (ube2c, cdc45, cdc20, tpx2, tk1, dlgap5) به عنوان ژن‌های hub کلیدی یافت شدند که به طور معنی‌دار دچار افزایش بیان شده بودند. ژن‌های hub کلیدی به طور معنی‌داری در میان ژن‌های تنظیمی چرخه سلولی بودند. ﺑﺮﺧﯽ ژنﻫﺎ از ﺟﻤﻠﻪ tpx2و tk1 ،ube2c ﻣﻮرد ﻫﺪف mir ﻫﺎی mirna های مشترک (mir-4530 و mir-3679) بودند. مهار افزایش بیان ژنهای hub ﻣﯽﺗﻮاﻧﺪ راهﮐﺎر درﻣﺎﻧﯽ ﻣﻔﯿﺪی ﺑﺮای ﺳﺮﻃﺎن ﭘﺴﺘﺎن ﺳﻪ ﮔﺎﻧﻪ ﻣﻨﻔﯽ ﺑﺎﺷﺪ. ﺑﺎ ﺗﻮﺟﻪ ﺑﻪ اﯾﻨﮑﻪ اﯾﻦ ژنﻫﺎی hub ﻣﻮرد ﻫﺪف mirna های ﮐﺎﻫﺶ ﺑﯿﺎن ﯾﺎﻓﺘﻪ ﻗﺮار ﻣﯽﮔﯿﺮﻧﺪ، ﺑﻨﺎﺑﺮاﯾﻦ ﯾﮑﯽ از روشﻫﺎی ﻣﻬﺎر ﺑﯿﺎن ژنﻫﺎی ﻣﺬﮐﻮر اﺳﺘﻔﺎده از mirna ﻫﺎی ﮐﺎﻫﺶ ﺑﯿﺎن ﯾﺎﻓﺘﻪ ﻣﺮﺑﻮﻃﻪ ﭘﯿﺸﻨﻬﺎد ﻣﯽﺷﻮد.

identification of hub genes and their related micrornas in triple negative breast cancer

breast cancer is the most frequently diagnosed cancer in women. triple-negative breast cancer (tnbc) is a kind of breast cancer that does not have any of the receptors that are commonly found in breast cancer. this study aimed to evaluate differentially expressed genes (degs) and their related micrornas (mirnas) in tnbc. gse113865 and gse154255 were selected from geo database. degs and differentially expressed mirnas between normal and tnbc tissues were identified via geo2r online tools and r program. string was used to construct a protein–protein interaction (ppi) network of degs. the hub genes, obtained using the cytohubba plugin in cytoscape. we used r program and enrichr database to enrichment analysis of hub genes. then intersection of predicted hub gene's mirnas and differentially expressed mirnas was investigated. ube2c and saa1 were the highest upregulated and downregulated genes, respectively. six main hub genes were identified, including cdc20, dlgap5, tpx2, ube2c, tk1, and cdc45. all the mentioned genes were upregulated and enriched in cell cycle progression. some hub genes such as tpx2, ube2c, and tk1 were targeted by differentially expressed mirnas (mir-3679 and mir-4530). in conclusion, knockdown of hub genes could be a targeted therapy for tnbc. one suggested approach for inhibition of the hub genes is application of mirna replacement therapy and using the downregulated mirnas of hub genes.