شناسایی کاندید‌های دارویی جدید آنزیم ترانس کریپتاز معکوس ویروس ایدز در محل جایگاه فعال با غربالگری مجازی مبتنی بر داکینگ مولکولی و مکانیک کوانتومی

ایدز (سندروم نقص ایمنی اکتسابی) یک وضعیت شدید و پیشرفته از عفونت ویروس نقص ایمنی انسانی (hiv) است که باعث ضعف سیستم ایمنی بدن می‌شود و برای عفونت‌های فرصت طلب و برخی از انواع سرطان‌ها پیش‌زمینه فراهم می‌کند. چرخه حیاتی hiv  شامل چندین آنزیم است که در تکثیر ویروس نقش دارند. یکی از این آنزیم‌ها، ترانس کریپتاز معکوس نام دارد. برای مدیریت بهتر درمان، معمولاً از ترکیبات درمانی مانند haart استفاده می‌شود که از ترکیب چندین دارو تشکیل شده است تا بهبود اثربخشی درمان و کاهش مقاومت دارویی را فراهم آورد. در این مطالعه، با هدف ارزیابی داروهای نویراپین، رالتگراویر، ایندیناویر و کاندید‌های دارویی جدید در مهار آنزیم ترانس کریپتاز معکوس، ابتدا ساختارهای دارویی به روش‌های محاسباتی b3lyp و مجموعه پایه‌ی 6-311g بهینه‌سازی شدند و پارامترهای ترمودینامیکی مرتبط با آن‌ها محاسبه گردید. همه ترکیبات از مجموعه داده و ترکیبات طراحی‌شده برای پیش‌بینی admet استفاده شدند تا ویژگی‌های آن‌ها بررسی شود و همچنین برای ارزیابی داروهای بالقوه استفاده گردد. در پایان، با استفاده از شبیه‌سازی‌های داکینگ مولکولی، اثر مهارکنندگی نویراپین، رالتگراویر، ایندیناویر و کاندید‌های دارویی جدیدnvp2، ral2 وind2  با بهترین انرژی بایندینگ -9.34، -11.28 و -9.30  بر آنزیم ترانس کریپتاز معکوس مورد ارزیابی قرار گرفت. تحلیل‌های انجام‌شده در طول شبیه‌سازی نشان داد که ترکیبات nvp2، ral2 وind2  به خوبی در مهار آنزیم ترانس کریپتاز معکوس ویروس hiv-1 عمل می‌کنند. 

using machine learning to model different levels of salinity stress and silica fertilization of fenugreek (trigonella foenum-graecum l.)

aids (acquired immunodeficiency syndrome) is a severe condition caused by infection with the human immunodeficiency virus (hiv), which weakens the immune system, leaving the body vulnerable to infections and certain cancers. hiv replicates through several enzymes, one of which is reverse transcriptase. to manage hiv effectively, combination therapies like haart (highly active antiretroviral therapy) are used, combining multiple drugs to enhance effectiveness and prevent resistance. this study aims to evaluate the efficacy of drugs such as nevirapine, raltegravir, indinavir, and new drug candidates in inhibiting reverse transcriptase. using computational methods like b3lyp and the 6-311g basis set, the structures of these drugs were optimized, and their thermodynamic parameters were calculated. admet properties of both existing and designed compounds were predicted to assess their potential as drugs. molecular docking simulations were then performed to evaluate the inhibitory effects of nevirapine, raltegravir, indinavir, and new compounds (nvp2, ral2, ind2). the best binding energies were -9.34, -11.28, and -9.30, respectively, indicating strong inhibitory potential. the simulations demonstrated that the new drug candidates nvp2, ral2, and ind2 show promising results in inhibiting hiv-1 reverse transcriptase, making them potential candidates for further development.