|
|
|
|
بررسی تنوع ژنتیکی ماهی سفید (rutilus kutum (kamensky, 1901 برخی از رودخانه های حوضه جنوبی دریای خزر با استفاده از توالی یابی ژن سیتوکروم b ژنوم میتوکندریایی (mtdnacytb)
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
کلنگی میاندره حامد ,شعبانی علی ,حجتی محمد
|
|
منبع
|
پژوهش هاي ماهي شناسي كاربردي - 1394 - دوره : 3 - شماره : 2 - صفحه:1 -12
|
|
چکیده
|
در این بررسی 15 نمونه ماهی سفید (rutilus kutum) از رودخانه های قره سو، گرگان رود (استان گلستان)، گهرباران، تجن و سفیدرود (استان مازندران) صید شدند. استخراج dna با روش فنلکلروفرم از بافت باله ماهیان انجام شد. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی ماهی سفید از ژن سیتوکروم b استفاده شد. تکثیر ژن سیتوکروم b با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده بر اساس توالی های موجود در بانک ژن صورت گرفت. طول 785 جفت باز از محصول واکنش زنجیره پلی مرازی توالی یابی شد. توالی های بدست آمده با توالی های ژن سیتوکروم b موجود در بانک ژن مقایسه شدند. توالی های ژنی نمونه ها با استفاده از نرم افزارهای mega5 و bioedit7 مورد مقایسه قرار گرفتند و میزان همولوژی نمونه ها مشخص گردید. همچنین با استفاده از نرم افزار dnasp5 میزان پلی مورفیسم یا تعداد هاپلوتیپ ها ارزیابی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که در بین نمونه های مختلف ماهی سفید فاصله ژنتیکی خیلی کمی معادل 0/001 وجود دارد. همچنین تعداد 6 نوع هاپلوتیپ بین نمونه های مورد مطالعه شناسایی گردید. بیشترین هاپلوتیپ در گرگان رود و قره سو مشاهده شد. همه نمونه ها بر اساس درخت فیلوژنیک در یک شاخه قرار گرفتند.
|
|
کلیدواژه
|
تنوع ژنتیکی، فیلوژنتیک، سیتوکروم b، هاپلوتیپ، kutum r
|
|
آدرس
|
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان, دانشکده شیلات و محیط زیست, گروه شیلات, ایران, دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان, دانشکده شیلات و محیط زیست, گروه شیلات, ایران, دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان, دانشکده شیلات و محیط زیست, ایران
|
|
پست الکترونیکی
|
shilat86_iut@yahoo.com
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Investigating genetic diversity of Rutilus kutum (Kamenskii, 1901) in some rivers in southern of the Caspian Sea using Cytochrome b gene (mtDNA-Cytb) sequences
|
|
|
|
|
Authors
|
Kolangi Miandareh Hamed ,Shabany Ali ,Hojati Mohammad
|
|
Abstract
|
In this study 15 specimens were collected from Ghareso and Gorganrud Rivers (Golestan Province), Goharbaran, Tajan and Sefidrud Rivers in Mazandaran Province. DNA extraction was performed using PhenolChloroform method. A partial DNA sequence of Cytochrome b gene (cytb) was used to evaluate genetic diversity. The sequence of Cytochrome b gene was done using specific primers designed based on sequences registered in NCBI GenBank. The diversity of 785 bp of cytb was estimated. Gene sequencing of sles were compared with using MEGA5 and Bioedit7 software. Also, polymorphism or haplotype frequency was evaluated using dnaSp7 software. Results showed that there was low genetic distance equals to 0.001 among all sles and 6 haplotypes among sles were determined. The most haplotypes were observed in Gorganrud and Ghareso Rivers. The phylogenetic test showed that all the fishes are in a clad.
|
|
Keywords
|
R. kutum ,Genetic diversity ,Phylogenetic ,Cytochrome b ,Haplotype ,R. kutum
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|