مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم‌بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (Crocus Sativus L.)

زعفران گیاه دارویی و ادویه‌ای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به‌عنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب می‌شود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالی‌یابی آن به‌عنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیک‌های توالی‌یابی نسل بعد، توالی‌یابی rna به‌عنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته ‌است. سرهم‌بندی ترنسکریپتوم ها از تعداد بی‌شمار خوانش‌های کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونه‌هایی که ژنوم مرجع آن‌ها در دسترس نیست فراهم می‌کند. اما سرهم‌بندی قرائت ها و رسیدن به نتیجه مطلوب به‌ویژه برای گیاهان پلی پلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب می‌شود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهم‌بندی با توجه به فاکتورهایی هم چون طول n50، تعداد کل یونی ژن‌ها و درصد هم‌ردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که bridger به‌عنوان ابزاری بهتر جهت سرهم‌بندی قرائت های ترنسکریپتوم زعفران است که می تواند سرهم بندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپت ها، طول n50، اندازه کل سرهم بندی و درصد هم‌ردیفی قرائت ها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. velvet/oases بالاترین درصد درهم ریختگی را نشان می دهد که منجر می شود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهم بندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق می‌تواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهم‌بندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.