توالی‌یابی de novo ترانسکریپتوم و آنالیز عملکردی ژن‌های با بیان متفاوت بذرهای بزرگ و کوچک گیاه توق خاردار (xanthium strumarium l.) در دوره نمو

گیاه توق خاردار (xanthium strumarium l.) گیاهی هرز با ارزش دارویی بالا است که به دلیل وجود خواب عمیق فقط در یکی از دو بذر درون یک کپسول این گیاه، برای مطالعات خواب بذر بسیار مورد علاقه پژوهشگران است. با این وجود، نبود اطلاعات ژنومیک در این گیاه، سبب شده است که دانسته‌ها در مورد آن در سطح بسیار پایینی باشد. در این تحقیق، ترانسکریپتوم بذرهای کوچک و بزرگ این گیاه در طول دوره نمو با استفاده از پلتفرم illumina، با هدف شناسایی و بررسی عملکردی رونوشت‌های با بیان متفاوت میان دو بذر، توالی‌یابی شد. توالی‌های شناسایی شده بین دو بذر با یکدیگر مقایسه شدند و رونوشت‌های با بیان متفاوت بین دو بذر مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند. در این پژوهش تعداد 191192 توالی ژن با میانگین طول 989.69 جفت‌باز شناسایی شد. آنالیزهای تشابه توالی و تفسیر عملکردی این توالی‌ها برعلیه پایگاه داده nr، آنالیز go و kegg انجام شد. ‌ژن‌های با بیان متفاوت، از نظر top hits، بیشترین تشابه را با آفتابگردان زراعی (83.41 درصد) داشتند. آنالیز go سبب شناسایی 615 تفسیر عملکردی در 36 گروه شد. فراوان‌ترین go یافت شده در دسته فرایند بیولوژیک، فرایندهای بیوسنتزی بود. نتایج این تحقیق فرایندهای بیوسنتزی و متابولیک بیشتر را در بذر بزرگ نسبت به بذر کوچک‌تر و نقش تنظیمی کلیدی رونویسی را در دوره نمو بذر نشان داد.

De novo tanscriptome sequencing and functional annotation of differentially expressed genes in large and small seeds of common cocklebur (Xanthium strumarium L.) during seed development

Common cocklebur (Xanthium strumarium L.) is a widespread weed with high medical value and interested for researchers because of deep dormancy in one of its two seeds in one bur. However, lack of genomic data has led to low information about it. Transcriptome large and small seeds were sequenced using Illumina platform to identify and functional analysis of differentially expressed transcripts in two seeds. Identified sequences in each seeds were compared and differentially expressed genes were functionally annotated. In this research 191192 sequence with a mean of 989.69 bp were detected. Sequence similarity analysis and functional analysis was carried out aginst nr, GO and KEGG databases. Differentially expressed genes had the most similarity with sunflower (83.41 per cent) in terms of top hits. GO analysis led to identify 615 functional annotation distributed in 36 categories. The most abomdant GO in biological process was biosynthesis. Results of our research shows the higher biosynthetic and metabolic processes in large seed of certain bur rather than the small one and also key regulatory role of transcription during seed development.