|
|
|
|
بررسی مقایسه‌ای موتاسیون‌های نقطه‌ای ژن cyc1 در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس و اثر آن بر فرآیند بیولیچینگ با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیک
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
شجاع‌پور مهناز ,فاطمی فائزه ,حاجی‌حسینی رضا ,دهقان شاسلطنه مرضیه
|
|
منبع
|
زيست شناسي جانوري تجربي - 1397 - دوره : 7 - شماره : 2 - صفحه:135 -146
|
|
چکیده
|
اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس یک باکتری اسیدوفیل بوده که در فرایند بیولیچینگ فلزات دخیل می باشد. cytochrome c552 (cyc1) یک پروتئین پری پلاسمی در این باکتری است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در زنجیره تنفسی دارد. حضور هِم a و b در ساختار cyc1 و نقش آن در دریافت الکترون از پروتئین قبلی (cyc2) و انتقال آن به پروتئین بعدی (cco)، دلیل اصلی انتخاب این پروتئین است. در این تحقیق، با هدف بهبود فرآیند بیولیچینگ، گلوتامات 122 و هیستیدین 54 cyc1 برای جهش نقطه‌ای در مطالعات بیوانفورماتیک انتخاب شد. ابتدا جهش‌ها توسط نرم‌افزار پایمول انجام و شبیه سازی دینامیک مولکولی برای پروتئین‌های وحشی و جهش یافته e122d و h54i در cyc1 صورت گرفت. تغییرات ساختار فضایی پروتئین‌های وحشی و جهش یافته توسط آنالیزهایrmsd ،rmsf ، rg، sasa و پیوندهای هیدروژنی انجام شد. نتایج حاکی از پایداری دو پروتئین جهش یافته پس از پایان شبیه سازی بود. با تبدیل گلوتامات 122 به آسپارتات، یک مولکول اسیدی، اسیدی‌تر شده و با کاهش بیش از پیش پتانسیل ردوکس در مرکز راستی سیانین، باعث سرعت انتقال الکترون به cyc1 خواهد شد. همچنین، با کاهش پتانسیل ردوکس در محل جهش سرعت انتقال الکترون به هِم a نیز افزایش خواهد یافت. در صورت تبدیل هیستیدین 54 به ایزولوسین، حلقه ایمیدازول الکترواستاتیک به اسیدآمینه ای باریشه بدون بار تغییر کرده و درنتیجه منجر به تشکیل یک پیوند هیدروژنه قوی بین دو اسیدآمینه می‌شود. بنابراین، انتقال الکترون بین cyc1 و cco از طریق یک مولکول آب (w79) بهبود یافته و به دنبال آن احتمالاً سرعت بیولیچینگ افزایش خواهد یافت.
|
|
کلیدواژه
|
اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس، جهش نقطه‌ای، زنجیره انتقال الکترون، سیتوکروم c552 (cyc1)، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
|
|
آدرس
|
دانشگاه پیام‌نور, گروه زیست‌شناسی, ایران, سازمان انرژی اتمی, پژوهشگاه علوم و فنون هسته‌ای, پژوهشکده مواد و سوخت هسته‌ای, ایران, دانشگاه پیام نور, دانشکده علوم, گروه علوم زیست‌شناسی, ایران, دانشگاه تهران, موسسه بیوشیمی و بیوفیزیک (ibb), آزمایشگاه شیمی نوروارگانیک, ایران. دانشگاه زنجان, دانشکده علوم, گروه زیست‌شناسی, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
A comparative study of point mutations on Cyc1 gene in Acidithiobacillus ferrooxidans and its effect on the bioleaching process using bioinformatics studies
|
|
|
|
|
Authors
|
Shojapour Mahnaz ,Fatemi ,Faezeh ,Haji Hosseini Reza ,Dehghan Shasaltaneh Marzieh
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|