مقایسه پنج روش استخراج dna ژنومی در گیاه دارویی گاوزبان ایرانی (echium amoenum)

در مطالعه تاکسونومی گیاهان دارویی روش های مبتنی بر dna، جذاب تر از روش های کلاسیک هستند. استخراج dna از گیاهان دارویی به دلیل متابولیت های ثانویه بیشتر با مشکلاتی مواجه است. در این مطالعه جهت انتخاب یک روش مناسب برای استخراج dna از برگ های تازه و هرباریومی گیاه گاوزبان ایرانی، پنج دستورکار شامل روش دویل و دویل اصلی، دو روش دویل و دویل تغییریافته (که بدون 2-مرکاپتواتانول یا استات آمونیوم است)، روش تغییریافته موری و تامسون و کیت gene all ارزیابی شدند. کیفیت و کمیت dna با روش های الکتروفورز روی ژل و اسپکتروفتومتری بررسی گردید. قابلیت استفاده dna خالص سازی شده از طریق pcr توالی فاصله انداز رونویسی شونده داخلی (its) در dna ریبوزومی هسته ای آزمایش شد. در مقایسه با روش دویل و دویل اصلی، حذف 2-مرکاپتواتانول یا استات آمونیوم از این روش، تاثیر معناداری (p-value > 0.05) روی کیفیت و کمیت dna استخراج شده از گیاه گاوزبان تازه و هرباریومی نداشتند. اگرچه بیشترین غلظت dna از برگ های هرباریومی با روش موری و تامسون تغییریافته به دست آمد، ناحیه its در این نمونه تکثیر نشد. محصولات pcr مورد انتظار از ناحیه its در سایر نمونه های dna تکثیر شدند. درنتیجه، روش دویل و دویل تغییریافته ساده تر با حذف 2-مرکپتواتانول یا استات آمونیوم برای استخراج dna از برگ های تازه و خشک گیاه گاوزبان مفید است. این تغییر اثر منفی روی مرحله pcr در ادامه کار ندارد.

comparison of five genomic dna extraction methods in iranian medicinal plant، echium amoenum

dna-based techniques are more interesting for the taxonomic study of medicinal plants than the classical methods. dna isolation from medicinal plants due to the higher secondary metabolites is faced with some difficulties. in this study، five protocols، including the original doyle and doyle method، two modified doyle and doyle methods in which 2-mercaptoethanol or ammonium acetate were removed، modified murray and thompson method، and gene all kit were assayed to select an appropriate method for the dna extraction of fresh and herbarium leaves of echium amoenum fisch. & c.a. mey. the quality and quantity of the dna were examined by gel electrophoresis and spectrophotometric analysis. the applicability of the purified dna was checked by the pcr of nuclear ribosomal dna internal transcribed spacer (its) sequence. compared to the original doyle and doyle method، the elimination of 2-mercaptoethanol or ammonium acetate had no significant effects (p-value > 0.05) on the quantity and quality of the extracted dna from fresh and herbarium e. amoenum. although the highest dna concentration was obtained by the modified murray and thompson method from herbarium leaves، the its region was not amplified in this sample. the expected pcr products of the its region were amplified from the other dna samples. in conclusion، the easier modified doyle and doyle method by eliminating 2-mercaptoethanol or ammonium acetate is beneficial for dna extraction from both fresh and herbarium leaves of e. amoenum. this modification does not negatively effect on the following pcr step.