شناسایی بیوانفورماتیکی ژن‌های هدف mirna‌های پاسخ دهنده به تنش خشکی در کلزا (brassica napus)

Mirna‌ها مولکول‌های کوچک، غیرکدکننده و تنظیمی هستند که نقش مهمی در تنظیمات پس از بیان ژن در پاسخ به تنش‌های زیستی و غیرزیستی دارند. با این‌ که کلزا گیاه دانه روغنی بسیار مهمی در سطح جهانی است، هنوز اطلاعات کمی درباره‌ی مکانیسم‌های تنظیمی ژن‌های هدف mirnaهای پاسخ دهنده به خشکی در آن وجود دارد. لذا در این پژوهش ژن‌های هدف mirna‌های پاسخ دهنده به خشکی bna mir860،bna mir156b ،bna mir156c ،bna mir156g ،bna mir171a ،bna mir171d ،bna mir171e ،bna mir172d ،bna mir399a ، bna mir399b،bna mir396a ، bna mir395d، bna mir395e‌ و bna mir395f در کلزا توسط روش‌های بیوانفورماتیکی شناسایی شدند. سپس عملکرد مولکولی، فرآیند بیولوژیکی، اجزای سلولی، برهمکنش پروتئین‌ها و ارتباط مسیرهای عملکردی آن‌ها مورد بررسی قرار گرفت. در پژوهش حاضر 225 ژن هدف برای mirna‌ها شناسایی شد. بررسی بیوانفورماتیکی نشان داد که ژن‌های ریبوزومی، پروتئازومی و چاپرونی rpp1c،rpl36aa ، rpl9d، rps11، rpt1a، rpt2a، rpt4a، rpn11، hsf1، hsfa1e، hsf4 و hsfb2b تحت تاثیر mirna‌های پاسخ دهنده به خشکیbna mir172d ،bna mir156b/c/g ، bna mir860، bna mir396a و bna mir395d قرار می‌گیرند و در شرایط تنش خشکی ریبوزوم، پروتئازوم و انواع چاپرون‌ها توسط mirnaها در جهت تنظیم پروتئین‌ها و تحمل تنش تنظیم می‌شوند. بررسی آزمایشگاهی ژن‌های شناسایی شده در این پژوهش می‌تواند گامی مهم و بنیادین در ایجاد ارقام مقاوم به خشکی کلزا در برنامه‌های به‌نژادی و مهندسی ژنتیک باشد.

in silico identification of drought responsive mirnas target genes in canola (brassica napus)

micrornas (mirnas) are small, non coding, and regulatory molecules that play an important role in post gene expression regulation in response to biotic and abiotic stresses. although canola (brassica napus) is a globally important oilseed, little is known about its regulation mechanisms target genes of drought responsive mirnas. then, in this study drought responsive mirnas target genes of bna mir156b, bna mir156c, bna mir156g, bna mir171a, bna mir171d, bna mir171e, bna mir172d, bna mir399a, bna mir399b, bna mir396a, bna mir395d, bna mir395e and bna mir395f in canola were identified by bioinformatics tools. molecular function, biological process, cellular component, proteins interaction, and relation of their pathways were investigated. in the present study were identified 225 target genes for mirnas. bioinformatics study showed that ribosome, proteasome, and chaperon related genes of rpp1c, rpl36aa, rpl9d, rps11, rpt1a, rpt2a, rpt4a, rpn11, hsf1, hsfa1e, hsf4, and hsfb2b are targets of drought responsive mirnas of bna mir172d ،bna mir156b/c/g، bna mir860، bna mir396a and bna mir395d. ribosomes, proteasomes, and chaperons are regulated by drought responsive mirnas for protein regulation and stress tolerance under drought conditions. laboratory study of identified genes in this study can be a fundamental step in the production of drought resistant canola cultivars in inbreeding and genetic engineering programs.