شناسایی snpها در نواحی اگزونی واینترونی ژن‌های لینالول سینتاز و ژرماکرینd سینتاز در گیاه ریحان

ریحان (ocimum basillicum l.) از مهم‌ترین گیاهان دارویی حاوی ﺗﺮﮐﯿﺒﺎت ترپنوئیدی از جمله مونوترپن و سزکوئی‌ترپن‌ها می‌باشد. ژن‌های لینالول سینتاز و ژرماکرین d سینتاز از ژن‌های کلیدی دخیل در سنتز ترپن‌ها می‌باشند .در مطالعه حاضر به ‌منظور شناسایی snpها در این دو ژن در 5 توده‌ مختلف ریحان از نشانگرهای caps و توالی‌یابی استفاده شد. قطعاتی به اندازه 600 و 583 جفت باز از نواحی کدکننده این دو ژن‌ تکثیر و با آنزیم‌‌های برشی pst1 و msei هضم شد. بعد از توالی‌یابی و بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناساییsnpها با استفاده از هم‌ردیفی توالی‌های هر ژن در افراد مختلف انجام گرفت. از نه snp شناسایی ‌شده در ژن لینالول سینتاز، به ترتیب چهار و پنج snp در ناحیه اینترون و اگزون مشاهده شد. از کلsnp های شناسایی‌ شده در این ژن، 77.8 درصد آنها از نوع همجنس با فراونی 44.4 درصد a/gو 33.3 درصد t/c و 22.2 درصد آنها از نوع ناهمجنس با فراونی یکسان ناشی از تبدیلات c/g و c/a بود. از 28 snp شناسایی ‌شده در ژن ژرماکرین d سینتاز، هفت snp در ناحیه اگزون و 21snp در ناحیه اینترون شناسایی شد که 67.8 درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی 35.7 درصد g/a و 32.1 درصد c/t و 32.1 درصد آنها از نوع ناهمجنس با فراوانی 7.1 درصد t/a، 14.3 درصد g/c و 10.7 درصد c/a بود. نتایج همردیفی توالی ژن‌ها بین افراد نشان داد که بیشترین جهش در ژن‌های لینالول سینتاز و ژرماکرین d سینتاز از نوع تبدیل بازهای همجنس a/g و t/c می‌باشد.

snp discovery in exon and intron regions of linalool synthase and germacrene d synthase genes in basil

basil (ocimum basillicum l.), one of the most important medicinal plants, contains monoterpene and sesquiterpene compounds. linalool synthase (lis) and germacrene d synthase (gds) are two key genes involved in terpenes biosynthesis. in the current investigation, cleaved amplified polymorphic sequence (caps) markers and sequencing were used to identify single nucleotide polymorphisms (snps) in both genes in five different basil populations. for this means, fragments of 600 and 583 bp from the coding sequences of these genes were amplified and digested by using pst1 and mse1 restriction enzymes. after retrieval of the sequences of the amplified gene fragments, snps were identified based on multiple sequence alignment in both genes in studied basil genotypes. out of the nine snps identified in lis gene, five occurred in exon region while the number of snps identified in intron was four. of the total snps detected in this gene, the proportion of transition was 77.8%, with frequencies of a/g: 44.4% and t/c: 33.3% and c/g and c/a (transversion) with the same frequencies of 22.2%. in gds gene, in total, 28 snps was detected (seven in exon and 21 in intron) of which 67.8% was transient with a frequency of g/a: 35.7% and c/t: 32.1%, and 32.1% transversion (t/a: 7.15%, g/c: 14.3% and c/a: 10.7%). the results of the sequence alignments revealed that the highest number of the identified snps in the studied genes are a/g and tc.