پیشگویی عملکرد اتّصال پروتیینها به ریبونوکلییک اسید بر اساس خواص فیزیکوشیمیایی آنها به کمک روش لوژستیک رگرسیون
|
|
|
|
|
نویسنده
|
پورشیخعلی اصغری مهدی ,عبدالمالکی پرویز
|
منبع
|
پژوهشهاي سلولي و ملكولي - 1394 - دوره : 28 - شماره : 1 - صفحه:45 -53
|
چکیده
|
بار، ممان دوقطبی و مقادیر ویژه ممان چهارقطبی به عنوان خواص فیزیکوشیمیایی برای پیشگویی عملکردِ اتّصال پروتیینها به ریبونوکلییک اسید در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند. از روش ساده و کارآی لوژستیک رگرسیون برای انجام عمل پیشگویی استفاده شد. در معادله لوجیت حاصل، پارامتر بار بیشترین ضریب (19/19) و بیشترین تاثیر را در پیشگویی داشت و بعد از آن پارامتر ممان دوقطبی اهمیت داشت. روش لوژستیک رگرسیون به صورت jackknife بر روی 2601 پروتیین (160 پروتیین متّصل شونده به ریبونوکلییک اسید و 2441 پروتیین غیر متّصل شونده به ریبونوکلییک اسید) آموزش داده شد. مقدار پارامتر ارزیابیِ مساحت زیر منحنی roc (auc ) مدل نهایی، 83 درصد به دست آمد که در قیاس با روش شبکه عصبی به کار رفته برای پیشگویی خیلی بیشتر می باشد. مقادیر پارامترهای دقت، صحت و معیار f نیز به ترتیب 94، 59 و 46 درصد به دست آمدند که همگی بیشتر از مقادیر حاصل از روش شبکه عصبی می باشند. در نتیجه، در این تحقیق نشان داده شد که به کمک روش ساده، سریع و دقیقِ لوژستیک رگرسیون، پروتیینهای متّصل شونده به ریبونوکلییک اسید می توانند به خوبی از پروتیینهای غیر متّصل شونده به ریبونوکلییک اسید (به کمک تعداد اندکِ خواص پیشگوی فیزیکوشیمیایی) متمایز شوند.
|
کلیدواژه
|
پروتیینهای متّصل شونده به ریبونوکلییک اسید ,خواص فیزیکوشیمیایی پروتیینها ,لوژستیک رگرسیون ,پیشگویی عملکرد پروتیین
|
آدرس
|
دانشگاه تربیت مدرس, ایران, دانشگاه تربیت مدرس, ایران
|
|
|
|
|
|
|