مقایسه برنامه های سرهم‌بندی و آنالیز هستی‌شناسی با استفاده از داده‌های حاصل از توالییابی ترنسکریپتوم زرین‌گیاه (dracocephalum kotschyi boiss.)

با پیشرفت‌های سریع در تکنولوژی توالی‌یابی نسل جدید امروزه این تکنیک به ابزاری قدرتمند و کم‌هزینه برای مطالعات در سطح ترنسکریپتوم تبدیل شده است. سرهم‌بندی داده‌های حاصل از توالی‌یابی نسل جدید، به‌صورت de novo باعث شکل‌گیری مسیری نوین در مطالعه و شناخت گونه‌های فاقد ژنوم مرجع گردیده است. با گسترش این تکنولوژی و افزایش روز افزون نرم‌افزارهای سرهم‌بندی، انتخاب مسیر و گزینش نرم‌افزار برتر برای سرهم‌بندی داده‌های حاصل از توالی‌یابی ترنسکریپتوم به عنوان چالشی برای زیست‌شناسان در این زمینه به‌شمار می‌آید. در این پژوهش برای اولین بار داده‌های حاصل از توالی‌یابی ترنسکریپتوم زرین‌گیاه با استفاده از نرم‌افزارهای oases velvet، soapdenovo trans، trans abyss و trinity به دو صورت مختلف با استفاده از پارامتر k=25 و k=32 به‌منظور دستیابی به مسیر مناسب و نرم‌افزار برتر در این زمینه مورد ارزیابی و آنالیز قرار گرفت. نتایج حاصل از سرهم‌بندی براساس معیارهای متعددی مقایسه شده که گویای برتری trinity و trans abyssمی‌باشد، در پایان خروجی حاصل از بهترین سرهم‌بندی به منظور بررسی فراوانی ایزوفرم‌های مختلف و آنالیز هستی‌شناسی (gene ontology) مورد ارزیابی قرار گرفت. باتوجه به دارویی بودن این گیاه و بالا بودن متابولیت‌های ثانویه آن، بیشترین فراوانی در بخش فرایندهای زیستی، مربوط به فعالیت‌های متابولیتی (metabolic process) بود.

The Comparison of Assembly Softwares and Gene Ontology Analysis using transcriptome sequencing data from Dracocephalum kotschyi Boiss.

With fast advances in next generation sequencing technologies, they has become powerful and low cost tools for transcriptome studies, Nowadays; de novo assembly of transcriptome data, has caused the formation of the new pathway in the study of non model genome species. With the expansion of this technology and increasing the number of assembly softwares, choosing the best software for assembling transcriptome sequencing data has become a challenge for biologists. For the first time in this study, we used transcriptome sequencing data of Dracocephalum kotschyi in order to reach the appropriate parameters and superior software; so here we used Oases velvet, SOAPdenovo Trans, Trans ABySS and Trinity softwares with two different values of K parameter; K=25 and K=32. The results of assembly by each software were compared to others in the term of several criteria. The result suggests the superiority of Trinity and Trans ABySS softwares. Finally, the output of the best assembly was used to estimate abundance of various isoforms and Gene Ontology analysis as regards to the pharmaceutical properties of this plant and the high amount of secondary metabolites, the highest frequency of sections in the biological processes was related to the metabolic activity.