جداسازی، شناسایی و بررسی ساختار ژن دفنسین (def1) تربچه خوراکی (raphanus sativus)

امروزه مطالعات نشان داده است که گیاهان، با تولید پپتیدهای ضدقارچی به نام دفنسین ها، سبب ایجاد منافذی درغشاء سلولی قارچ مهاجم و در نتیجه خروج ترکیبات سلولی به بیرون ازغشاء، تغییر در پتانسیل غشاء و نهایتاً مرگ سلولی را منجر می شوند. هدف این تحقیق جداسازی، شناسایی و بررسی ساختار ژن def1 تربچه خوراکی (raphanus sativus) با کلون کردن و تعیین توالی آن است. برای این منظور پس از استخراج dna ژنومی به روش ctab، تکثیر این ژن با استفاده از آغازگرهای اختصاصی rdeff و rdefr انجام شد. قطعه تکثیر شده به طول تقریبی 356 جفت باز در ناقل pjet1.2 کلون شد. سازه به دست آمده با استفاده ازالگوهای هضم آنزیمی و pcr تأیید شد. همچنین cdna این ژن، که به طول تقریبی 243 جفت باز بود، پس از استخراج rna با استفاده ازآغازگرهای اختصاصی فوق سنتز گردید. قطعه تکثیرشده از cdna پس از تأیید در ناقل pjet1.2 کلون و تعیین توالی گردید. مقایسه توالی dna ژنومی و cdna این ژن نشان داد که ژن def1 گیاه تربچه حاوی یک اینترون به طول 113 جفت باز بوده و open reading frame آن یک پپتید به طول 80 اسید آمینه را کد می کند. مقایسه توالی پپتید بدست آمده از ژن def1 از گیاه تربچه با توالی های ثبت شده مرتبط در بانک ژنی مشابهتی بین 90 تا 98.8 درصد را نشان داد. شناسایی و همسانه سازی این ژن می تواند در آینده در راستای مدیریت کنترل و مبارزه با بیماری های قارچی مورد استفاده قرار گیرند.

Isolation, identification and study of defensin gene structure (Def1) in Raphanus sativus

Different studies have demonstrated that the plants, by producing antifungal peptides, such as defencins, cause the pores in the fungal plasma membrane which leads to efflux and influx of cellular components. These changes ultimately lead to fungal cell death.The purpose of this research was to isolate, identify, and study of defencin gene structure in Raphanus sativus by cloning and sequencing. The genomic DNA extraction from Raphanus sativus was achived by CTAB method. Amplification of this gene was performed using the specific primers (RDeff /RDefr). The amplified DNA fragment (356 bp) was cloned into pJET1.2 cloning vector and the constructs were confirmed via enzyme digestion and PCR patterns. Also, the cDNA of this gene, which was about 243 bp, was synthesized after extraction of RNA by specific primers. The amplified fragment of the cDNA was confirmed, cloned in the pJET1. 2 vector and sequenced. Comparison of genomic DNA and cDNA sequences showed that Def1gene contains one intron (113bp) and its open reading frame encodes a peptide with a length of 80 amino acids. Alignment of the amino acid sequence of Def1 shows 90 to 98.8% homology with other reported defensin sequences. The identification and cloning of this gene could be used in future for fungal diseases management.