مطالعه تاثیر طول بلوک های هاپلوتیپی در بهبود صحت پیش بینی ژنومی به کمک روش های بیزی در گوسفند

زمینه و هدف: عدم تعادل پیوستگی(ld) و طرح ساختار بلوک های هاپلوتیپ سطح جمعیت پارامترهایی هستند که برای مدیریت مطالعات گسترده ژنومی(gwas) و درک ماهیت رابطه غیر خطی بین فنوتیپ ها و ژنوتیپ ها مفید هستند. در مقایسه با چند شکلی تک نوکلئوتیدی(snp)، استفاده از آلل های هاپلوتیپ در پیش بینی ژنومی و بهبود صحت پیش بینی کارآمدتر هستند. اما میزان افزایش صحت به چگونگی طراحی بلوک های هاپلوتیپ بستگی دارد. این مطالعه با هدف آزمون اندازه بهینه برای طول هاپلوتیپ در پیش بینی های ژنومی صورت گرفت.روش کار: در این مطالعه آلل های هاپلوتیپ با توجه به آلل های snp در بلوک های kb 125، kb 250، kb 500 و mb 1 تعریف و آلل های هاپلوتیپ با فرکانس های کمتر از 1، 5/2، 5 یا 10 درصد حذف شدند. از دو روش بیزa و بیزb برای پیش بینی اثرات ژنومیsnp ها و هاپلوتیپ ها در سه صفت با سه سطح وراثت پذیری(تولید شیر (1/0=h2)، وزن لاشه (3/0=h2) و وزن بدن در بلوغ=h2) 45/0)استفاده شد.یافته ها: بیشترین صحت پیش بینی ژنومی در صفت وزن بدن در زمان بلوغ توسط روش بیزb(652/0) در طول بلوک هاپلوتیپی kb 250 و کمترین توسط روش بیزa در صفت تولید شیر(407/0) در طول بلوک هاپلوتیپی mb 1 حاصل گردید. بلوک های هاپلوتیپی به طول kb 250 با آستانه فرکانس 1 درصد، بالاترین میزان صحت پیش بینی ژنومی را ارائه دادند. در مقایسه دو روش بیزa و بیزb، روش بیزb صحت برآورد بالاتری هم در مدل های بر پایه snp و هم بر پایه آلل های هاپلوتیپ ارائه داد.نتیجه­گیری: قرار دادن آلل های هاپلوتیپ به جای snp ها در مدل آماری، درصورت تعریف مناسب طول هاپلوتیپ، سبب بهبود صحت پیش بینی ژنومی می شود.