مقایسه عملکرد واکنش زنجیره‌ای پلیمراز چندگانه بهینه‌سازی شده با کیت استاندارد (iq2000) جهت تشخیص ویروس لکه سفید در میگو

یکی از علل مرگ و میر گسترده در میگوهای پرورشی در مزارع بیماری ویروسی لکه سفید است و باعث تلفات سریع و زیاد در ظرف چند روز می شود، تشخیص به موقع مانع ضرو زیان گسترده مالی می شود. تنها روش تشخیص زودهنگام و مطمئن این ویروس روش مولکولی است از ژنوم ویروس برای ناحیه vp28 و ناحیه مرتبط با پروتیین کیناز و از ژنوم میگو برای نواحی s18 ریبوزومال به عنوان کنترل داخلی آغازگرهایی سازگار با هم طراحی شدند. پس از بهینه سازی آغازگرها به صورت multiplex جهت تشخیص ویروس لکه سفید، dna استخراج شده از 200 نمونه میگوی مشکوک به بیماری توسط دو کیت بهینه‌سازی شده و مرجع iq2000 (تایوانی) مقایسه گردید. از این تعداد، 94 نمونه مثبت (آلوده به ویروس) و 106 نمونه منفی بود، که با نتایج بدست آمده با کیت مرجع بجز در 2 نمونه مطابقت داشت. حساسیت و اختصاصیت کیت طراحی شده در مقایسه با کیت مرجع به ترتیب 98 و 100 درصد می‌باشد. با توجه به نتایج بدست آمده روش بهینه سازی شده تک مرحله ای این مطالعه می تواند جایگزین یا به همراه کیت مرجع استفاده شود.

performance comparison of optimized multiplex polymerase chain reaction with standard kit (iq2000) for white spot virus detection in shrimp

one of the causes of widespread mortality in shrimp on farms is white spot virus that leads rapid and high death within a few days. early detection prevents huge financial loss. the only method for early and reliable diagnosis of this virus is a molecular method. vp28  and protein kinase-related regions in virus genome, and also ribosomal 18s region as internal control from the shrimp genome are used for development a complex compatible pcr primers. extracted dna from 200 samples of suspected shrimp were evaluated for detection of virus with standard kit iq2000(taiwan) and optimized multiplex pcr. of all samples, 94  and 106 were positive (infected with the virus) and negative, respectively. two samples were not concordance with   reference kit, so , the sensitivity and specificity of optimized method were 98 and 100%, respectively. based on the results, the optimized one-step method in this study can be used as standalone or complement method with reference kit for diagnosis of white spot virus.