assessment of genetic diversity in pythium aphanidermatum isolates using issr and rep-pcr methods

Sixty isolates of pythium aphanidermatum as the causal agent of sugar beet root rot were selected on the basis of their geographical origins, morphological and genetic diversity studies. pathogenicity test using the kruskalwallis analysis showed significant differences between the pathogenic potential of isolates. based on the growth rate, isolates were categorized in two groups with low and high growth rate. the potential of issr and rep-pcr for fingerprinting purposes was evaluated using eight issr and three rep-pcr primers. a strong linear relationship was observed between resolving power of a primer, pic, and mi. pic value for the rep-pcr primers (0.41) was higher than the issr primers (0.39). based on upgma method and jaccard-coefficient, issr separated khuzestan and fars provinces isolates from other isolates at 63% similarity level, while rep-pcr separated these isolates at 61% similarity level. the pca analysis showed that despite the similarities of both markers, rep-pcr represent a higher resolution than the issr. so the rep-pcr marker leads to further differentiating of the isolates. there was a relationship between genetic divergence and geographical origins of isolates. rep-pcr can replace issr in diversity studies because of their comparable accuracy in the interpretation of genetic diversity of isolates.

بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های Pythium aphanidermatum با استفاده از روش‌های ISSR و repPCR

60 جدایه Pythium aphanidermatum، عامل پوسیدگی ریشه چغندرقند، بر اساس منشاء جغرافیایی برای مطالعات تنوع ژنتیکی و مورفولوژیکی انتخاب شدند. آزمون بیماریزایی با استفاده از آنالیز کروسکال والیس اختلاف معنی­داری بین جدایه­ها از لحاظ قدرت بیماریزایی نشان داد. جدایه­ها براساس سرعت رشد به دو گروه با میزان رشد بالا و میزان رشد پایین گروه­بندی شدند. به منظور بررسی پتانسیل انگشت نگاری ISSR و repPCR از هشت آغازگر ISSR و سه آغازگر repPCR استفاده شد. همبستگی خطی بسیار بالایی بین قدرت تفکیک، PIC و MI هر آغازگر مشاهده شد. شاخص PIC برای آغازگرهای repPCR (41/0) بالاتر از آغازگرهای ISSR (39/0) بود. براساس روش UPGMA و ضریب جاکارد، ISSR جدایه­های استان­های خوزستان و فارس را در سطح تشابه 63% از بقیه استان­ها جدا کرد، درحالیکه repPCR این جدایه­ها را در سطح تشابه %61 از بقیه استان­ها جدا کرد. آنالیز PCA نشان داد که باوجود تشابه­های هر دو نشانگر، repPCR قدرت تفکیک بالاتری نسبت به ISSR نشان داد. بنابراین نشانگر repPCR منجر به تفکیک بیشتر جدایه­ها شد. بین تنوع ژنتیکی و منشاء جغرافیایی جدایه­ها ارتباط وجود دارد. در مطالعات تنوع ژنتیکی، RepPCR به دلیل داشتن دقت مقایسه­ای در تفسیر تنوع ژنتیکی جدایه­ها، می­تواند جایگزین ISSR شود.