|
|
|
|
bioinformatic analysis of fae1-a and fad2-a genes in camelina sativa
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
bashiri hoda ,kahrizi danial ,salmanian ali hatef ,rahnama hassan ,azadi pejman
|
|
منبع
|
iranian journal of genetics and plant breeding - 2023 - دوره : 12 - شماره : 2 - صفحه:49 -59
|
|
چکیده
|
Camelina (camelina sativa), an oilseed plant in the brassicaceae family, is recognized as a significant crop both biologically and industrially, with recent attention shifting towards its potential as a biofuel source. the close genetic resemblance between arabidopsis thaliana and c. sativa has sparked interest among researchers in manipulating oleic acid levels through micrornas and the gene sequences fae1-a and fad2-a. a recent bioinformatics study focused on these genes in camelina revealed that the fae1-a protein is hydrophobic, while fad2-a is hydrophilic. structural analysis indicated gmqe values of 0.88% for fae1-a and 0.93% for fad2-a. the fae1-a protein’s secondary structure comprises 49% helix, 11% beta-sheet, 41% coil, and 9% membrane content with a confidence level of 79.2%. similarly, the secondary structure of the fad2-a consists of 43% helix, 12% beta-sheet, 45% coil, and 30% membrane content with a confidence level of 79.8%. codon preference patterns were explored using the sequence manipulation suite database to understand the relationship between codons and gene performance. furthermore, analysis of fae1-a and fad2-a gene expression showed peak expression levels in developing seeds approximately 20 days after pollination. further investigation into these structures promises to enhance our understanding of fat biosynthesis, thereby improving oil quality in c. sativa.
|
|
کلیدواژه
|
bioinformatics analysis ,camelina sativa ,oilseed ,fae1-a ,fad2-a
|
|
آدرس
|
razi university, department of plant production engineering and genetics, iran, tarbiat modares university, faculty of agriculture, department of biotechnology, iran, national institute of genetic engineering and biotechnology, department of agricultural biotechnology, iran, agricultural research education and extension organization (areeo), agricultural biotechnology research institute of iran, iran, agricultural research education and extension organization (areeo), agricultural biotechnology research institute of iran, iran
|
|
پست الکترونیکی
|
azadip22@gmail.com
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن های fae1-a و fad2-a در camelina sativa
|
|
|
|
|
Authors
|
بشیری هدی ,کهریزی دانیال ,سلمانیان علی هاتف ,رهنما حسن ,آزادی پژمان
|
|
Abstract
|
گیاه کاملینا (camelina sativa) یک گیاه دانه روغنی از خانواده brassicaceae است. این گیاه از نظر بیولوژیک و صنعتی ضروری است و اخیراً به عنوان یک منبع سوخت زیستی در نظر گرفته شده است. از آنجایی که شباهت توالی‌های بین ژن‌های arabidopsis thaliana و camelina sativa بسیار زیاد است، مهندسی لاین‌های اولئیک از طریق دستورزی توالی‌های ژن fae1-a و fad2-a توجه بسیاری از محققان را به خود جلب کرده است. در این مطالعه، برخی از خصوصیات بیوانفورماتیکی ژن‌های fae1-a و fad2-a و پروتئین‌های مرتبط گیاه camelina sativa مورد بررسی قرار گرفت. پروتئین fae1-a آبگریز و پروتئین fad2-a آب دوست است. میزان gmqe در بررسی ساختار سه بعدی این پروتئین ها برای ژن های fae1-a و fad2-a به ترتیب 88/0 و 93/0 درصد بود. بررسی ساختار ثانویه در پروتئین fae1-a 79.2 درصد اطمینان را نشان داد که این پروتئین دارای 49 درصد مارپیچ، 11 درصد بتا ورق، 41 درصد سیم پیچ و 9 درصد محتوای غشایی است. بررسی ساختار ثانویه پروتئین fad2-a نیز 79.8 درصد اطمینان را نشان داد که این پروتئین دارای 43 درصد مارپیچ، 12 درصد صفحه بتا ، 45 درصد هلیکس و 30 درصد محتوای غشایی است. ترجیح کدون نیز با استفاده از پایگاه داده sequence manipulation suite که رابطه بین کدون ها و بیان این ژن ها را نشان می دهد، مورد بررسی قرار گرفت. همچنین تجزیه و تحلیل بیان ژن‌های fae1-a و fad2-a نشان داد که میزان بیان در بذور در حال رشد 20 روز پس از گرده‌افشانی به حداکثر مقدار خود می‌رسد. این نتایج منجر به دانش بیشتر در مورد بیوسنتز چربی ها و بهبود کیفیت روغن در گیاه کاملینا ساتیوا می شود.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|