mapping genomic regions associated with yield and drought tolerance indices in recombinant inbred lines of rice

Mapping qtls with molecular markers can be very useful for plant breeders in agricultural genomics. the identification and introgression of qtls for grain yield and drought tolerance indices is an efficient approach to improve the drought tolerance of rice varieties. in this study, qtls controlling some traits associated with grain yield and drought tolerance indices were identified using 150 f8 lines derived from a cross between sepidroud and gharib, under non-stress and stress conditions. the genetic linkage map containing 12 issr polymorphic markers, 103 ssr, 1 irap marker, 11 remap markers and 16 combinations of issr markers covered 1005.2 cm of the rice genome and a mean distance between adjacent markers was 4.43 cm. in this experiment, two qtls with main effects were mapped for ssi and ysi indices, three qtls with main effects for grain yield under non-stress and stress conditions, tol, sti, gmp, and yi, four qtls with main effects for mp and hm. one epistatic qtl was mapped for grain yield under non-stress condition and sti index. the phenotypic variation explained by each main effect qtls and epistatic qtls ranged from 3.99 to 25.41% and 6.51 to 18.81%, respectively. fifteen main effect qtls, including, qgy9, qgy12a, qtol4, qtol5, qssi5, qssi6, qsti9, qstii2, qmp9, qgmp9, qgmp12, qhm12a, qysi5, qysi6, and qyi12a as the major qtls controlling these traits can be considered in rice breeding programs for improving grain yield and drought tolerance after validation. the markers ubc816-2, (tos2+ubc827)-4, (ubc826+hb12)-6, rm215 and rm5371 located near major qtls could be used in mas programs.

نقشه‌یابی نواحی ژنومی مرتبط با عملکرد و شاخص‌های مقاومت به خشکی در لاین‌های نوترکیب برنج

نقشه‌یابی QTL ها با نشانگرهای مولکولی برای اصلاح‌گران در ژنومیکس کشاورزی بسیار ارزشمند است. شناسایی و انتقال QTLهای کنترل کننده عملکرد دانه و شاخص‌های مقاومت به خشکی، روشی مؤثر برای بهبود تحمّل خشکی در ارقام برنج است. در این مطالعه، QTL های برخی از صفات مرتبط با عملکرد دانه و شاخص‌های مقاومت به خشکی در برنج، با استفاده از 150 لاین F8 حاصل از تلاقی ارقام سپیدرود و غریب، تحت شرایط بدون تنش و تنش خشکی شناسایی شدند. نقشه پیوستگی جمعیت؛ شامل 12 نشانگرISSR ، 103 نشانگر ریزماهواره، یک نشانگر  IRAP،11  نشانگر REMAP و 16 ترکیب نشانگرهای ISSR، 2/1005  سانتی‌مورگان از ژنوم برنج را پوشش داد و متوسط فاصله بین نشانگرهای مجاور 43/4 سانتی‌مورگان بود. در این آزمایش، تعداد دو QTL اصلی برای شاخص‌های SSI و  YSI، تعداد سه QTL اصلی برای صفات عملکرد دانه، تحت شرایط آبیاری کامل و تنش خشکی، TOL، STI، GMP  و YI و تعداد چهار QTL اصلی برای شاخص‌های MP و HM مکان‌یابی شدند. تعداد یک QTL اپیستاتیک برای عملکرد دانه تحت شرایط آبیاری کامل و شاخص STI مکان‌یابی شد. تنوع فنوتیپی توجیه شده توسط هریک از  QTLهای اصلی و اپیستاتیک به‌ترتیب از 99/3 تا 41/25 و 51/6 تا 81/18 درصد متغیر بود. تعداد پانزده  QTL  اصلی؛ شامل qGY9، qGY12a، qTOL5، qSSI5، qSSI6، qST19، qST1I2، qMP9، qGMP9، qGMP12، qHM12a، qYSI5، qYSI6 و qYI12a به‌عنوان  QTLهای بزرگ اثر کنترل کنندة این صفات بعد از تأیید QTL می‌توانند در برنامه‌های به‌نژادی برای بهبود عملکرد دانه و تحمل خشکی در برنج مورد استفاده قرار گیرند. نشانگرهای UBC8162، (Tos2+UBC827)4، (UBC826 + HB12)6  و RM5371 در فاصله نزدیکی با این  QTLهای بزرگ اثر قرار داشتند، در برنامه انتخاب به کمک نشانگرها (MAS) می‌توانند مورد استفاده قرار گیرند.