بررسی بیوانفورماتیکی میانکنش شش پپتید نوترکیب لاکتوفرین شتری با پروتئین‌های سطحی روتا ویروس گاوی

سابقه و هدف: اسهال یک بیماری رایج میان گوساله ها بوده که سبب زیان اقتصادی چشمگیر در صنعت گاوهای شیری و گوشتی به علت افزایش میزان مرگ و میر، هزینه‌های درمان و کاهش نرخ رشد و افزایش سن اولین زایمان می‌گردد. روتاویروس گاوی یکی از عوامل اصلی ابتلا به اسهال در گوساله ها در سن یک تا دوهفتگی است. دو پروتئین vp4 و vp7 کپسید خارجی ویروس را ساخته و سبب تولید آنتی بادی و تحریک سیستم ایمنی می‌شوند. لاکتوفرامپینلاکتوفریسین شتری یک ضد ویروس قوی است که با اتصال به هپارین سولفات پروتئوگلایسین مانع ورود ویروس به سلول میزبان شده و می‌تواند جایگزین داروهای ضد ویروسی شود. هدف از این پژوهش بررسی امکان جایگزینی پپتید لاکتوفرین شتری با داروهای ضد ویروسی می باشد.مواد و روش ها: در این مطالعه امکان جایگزینی شش پپتید نوترکیب لاکتوفرین شتری به نام‌های clf361، clf362، 12a36f+bc، a_scaning، af، arm با داروهای ضدویروسی و اتصال کارآمد این پپتیدها با پروتئین‌های سطحی روتاویروس گاوی(vp4 و vp7) با استفاده از روش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس بررسی و با توجه به انرژی آزاد پیوند شدن لیگاندپروتئین در مرحله داکینگ و میزان بار الکتریکی سیستم پیش از خنثی سازی بار در دینامیک مولکولی مورد مقایسه قرار گرفته و در نهایت بهترین پپتید جایگزین با توجه به نمودارهای شعاع چرخشی که مهم ترین عامل تعیین کننده در کارآمدی سیستم‌ها در شرایط درون تنی و همچنین نشان دهنده‌ی امکان اتصال پایدار پپتید نوترکیب لاکتوفرین با پروتئین سطحی ویروس است؛ از میان شش پپتید مورد مطالعه، انتخاب گردید. یافته ها: نتایج حاصل از این پژوهش نشان می دهد پپتید لاکتوفرین به خوبی با پروتئین های سطحی روتاویروس اتصال برقرار کرده و به این وسیله می تواند مانع ورود ویروس به درون سلول‌ها گردد. با این حال از میان شش پپتید مورد بررسی، پپتید 12a36f+bc در دو سیستم vp4 و vp7 علی رغم داشتن بیشترین انرژی آزاد پیوند شدن لیگاندپروتئین در بین مدل‌های مورد بررسی در مرحله داکینگ و مثبت‌ترین بار الکتریکی پیش از خنثی سازی بار در دینامیک مولکولی، به دلیل unfold بودن و تغییرات زیاد rg آنها در طول زمانِ شبیه سازی به نظر می رسد در شرایط بدن اتصال کارآمدی نداشته باشند؛ از این رو با توجه به نمودارهای شعاع چرخشی از مطالعه حاضر انتظار می‌رود سیستم پروتئین سطحی vp4 و پپتید نوترکیب clf361 دارای بهترین اتصال باشد.نتیجه گیری: نتایج حاصل از این تحقیق نشان می‌دهد پپتید clf361 از میان شش پپتید مورد بررسی طی زمان شبیه سازی پایدار و دارای اتصال کارآمد و مناسب با پروتئین سطحی vp4 بوده، ضمن اینکه طی زمان شبیه سازی ساختار خود را حفظ کرده و از این طریق میتواند مانع ورود ویروس به درون سلول‌ها شده و جایگزین مناسبی برای داروهای ضد ویروسی باشد. با این حال انجام آزمایشات در شرایط in vivo به منظور اثبات اثربخشی این پپتید ضروری می نماید.

Bioinformatics study of the interaction between six recombinant camel lactoferrin peptides and bovine rotavirus’ surface proteins

Background and objectives: Bovine diarrhea is a common disease among calves that causes significant economic losses in the dairy and meat industry because of increased mortality, treatment costs and reduced growth rates and increasing age at first calving. Bovine rotavirus is one of the main causes of diarrhea in calves at the age of one to two weeks. Both vp4 and vp7 proteins form the outer capsid of the virus, producing antibodies and stimulating the immune system. Camel lactoferrampineLactoferrin is a potent antiviral that binds to heparin proteoglycine sulfate, prevents virus entry into the host cell and can replace antiviral drugs. The aim of this study was to investigate the possibility of replacement of camel lactoferrin peptide with antiviral drugs.Materials and methods: In this study, the possibility of replacing six recombinant camel lactoferrin peptides named clf361, clf362, 12A36F + BC, A_Scaning, AF, Arm with antiviral drugs and efficient binding of these peptides to Surface proteins of bovine rotavirus (vp4 and vp7) was investigated by molecular dynamics simulation using GROMACS software and they were compared due to their bonddissociation energy in docking step and amount of electric charge before Neutralizing the electric charge of systems in molecular dynamics and finally the best substituted peptide was selected according to Radius of gyration diagram which is the main determinative factor in system efficiency in vivo and also indicates the possibility of stable binding of recombinant lactoferrin peptide to the virus’ surface protein.Results: The results of this study indicate that the lactoferrin peptide binds well with the rotavirus’ surface proteins and can thus prevent the virus from entering the cells. However, among the six peptides examined, the 12A36F + BC peptide in both vp4 and vp7 systems seems to be inefficient in vivo in spite of the highest bonddissociation energy and the most positive electric charge before Neutralizing the electric charge of systems in molecular dynamics. As being unfold and Rg fluctuation during the simulation. Hence this study expects that recombinant peptide clf361 and vp4 system will bind well according to the Radius of gyration diagram.Conclusions: The results of this study show that the clf361 peptide was stable and efficiently bound to vp4 surface protein among the six peptides investigated while retaining its structure during the simulation and in this way it can prevent the virus from entering the cells. So it can be an appropriate alternative to antiviral drugs. However, in vivo experiments are needed to prove the efficacy of this peptide.